Теперь не оставалось ничего другого, как готовиться к бою. Оба войска попадали на колени и стали истово креститься, моля у Бога победы. Священники служили и тем и другим. По обоим берегам Истры только и слышалось: "Даруй, Господи, одоление…"
Но вот пушки на высоком берегу окутались клубами дыма, грянул первый залп… И удивленные стрельцы, озираясь, обнаружили, что он не причинил им ни малейшего вреда — залп был холостой, предупредительный. Но стрельцы решили, что Божье провидение на их стороне. Под победную дробь барабанов, с разверкутыми знаменами ринулись они к Истре. И почти перешли вброд неширокую речку, как грянул второй залп — на этот раз боевой и полетели раскаленные ядра в густую толпу людей, сгрудившихся в низине у реки. Раз за разом ревели 25 пушек. И раз за разом ядра врывались в людскую массу, оставляя за собой окровавленные тела с оторванными головами, ногами или руками…
Через час все было кончено. Пушки еще гремели, но оставшиеся в живых ничком лежали на земле, моля о пощаде. С высокого берега прозвучала команда бросить оружие. Они мгновенно подчинились. Но пушки продолжали стрелять — Гордон боялся, что если утихнет стрельба, то поверженный враг воспрянет духом и вновь пойдет в атаку. Так под прикрытием огня насмерть перепуганных стрельцов связали и заковали в цепи.
Шеин был беспощаден. Тут же на зеленом лугу, за которым высились белоснежные шатры Новоиерусалимского монастыря, он начал расследование. Одного за другим подводили к нему закованных в цепи людей, и каждого он спрашивал одно и то же: почему восстали? Чего хотели добиться? И непременный в таких случаях вопрос — кто зачинщик?
Но все как один отвечали: виновен, батюшка, и потому смерти заслуживаю. И никто словом не обмолвился о целях восстания, никто товарищей не оговорил и зачинщиков не выдал.
Тогда заработали кнут и огонь — два непременных спутника русского правосудия. Ими испокон веку выбивали показания — верные или ложные, кто разберет. Первым сломался молодой, неопытный в этих делах стрелец. Он показал, что вместе с товарищами хотел спалить Немецкую слободу, а затем широко пройтись по Москве — одних бояр перебить, а других отправить в ссылку. А после этого объявить, что царь, по злому совету уехавший за границу, скончался и регентом при малолетнем царевиче Алексее будет Софья.
Может быть, это была правда, а может быть, лишь то, что хотел услышатъ из-под кнута боярин Шеин, только он удовлетворился этим и приказал здесь же на месте казнить зачинщиков, чтобы неповадно было бунтовать. Остальных бунтовщиков развезли по казематам и монастырям.