Главным трудом своей жизни Эразм считал исправленное издание греческого текста Нового завета (1516) и его новый латинский перевод. Этим тщательным филологическим трудом, в котором текст священного писания освобожден от вкравшихся на протяжении веков ошибок и произвольных толкований, Эразм нанес удар авторитету церкви и принятого ею канонического латинского текста Библии (так называемой "Вульгаты"). Еще существеннее то, что в комментариях к своему переводу и в так называемых "парафразах" (толкованиях) книг священного писания, применяя научные методы исторической критики (связь Библии с древнееврейскими нравами) и прямую интерпретацию (вместо аллегорической или казуистической, характерной для средневековых схоластов), подвергая сомнению аутентичность отдельных книг и выражений и обнажая противоречия в священном тексте, Эразм подготавливая почву для позднейшей рационалистической критики Библии.
Отвергая авторитеты позднесредневековой схоластики, он неустанно издавал труды первые отцов церкви. Отредактировать и издать девять томов сочинений св. Иеронима стоило Эразму, по его собственному замечанию, больше труда, чем автору их написать. Это обращение к первоисточникам было формой движения вперед, так как множило в умах сомнения в бесспорности установленных церковью догм, относительно которых, как оказывалось, во многом расходились и сами отцы церкви. Но тем самым Эразм обосновывал принцип широкой терпимости в вопросах веры, которые - за исключением немногих самых общих положений - должны были, по его мнению, стать частным делом каждого верующего, делом его свободной совести и разумения. Призывая своих последователей переводить Библию на новые языки и оставляя за каждым верующим право разобраться в священном писании как единственном источнике веры, Эразм открывал доступ в святая святых богословия всякому христианину, а не только первосвященникам теологии.
Но это было подкопом под устои единой и монолитной церкви. "Очищенная" от языческого "внешнего христианства", обоснованная филологическим анализом, новая теология объективно расчищала путь деизму и вела к отказу от всякой догматики. Не удивительно, что в "эразмизме", осужденном церковью уже в XVI веке, католические и протестантские теологи находили и арианскую ересь (отрицание божественности Христа) и пелагианство (сомнение в спасении верой, в исключительной роли благодати). И хотя сам Эразм вполне искренне отстаивал свою ортодоксальность, его убеждение в бесплодности изощренных словопрений, его равнодушие к неразрешимым противоречиям в вопросе о триединстве, пресуществлении и т. д., к спорам о спасении верой или добрыми делами, его ирония по адресу всяких окончательных и общеобязательных суждений - все это сеяло скепсис и подрывало основы церкви и христианства в целом.