Всю свою жизнь и в последние годы также старец очень редко отдыхал. Когда силы совсем покидали его, он уезжал в Эстонию, в тихое сельское местечко, к одному знакомому протоиерею. Молился там в одиночестве.
И вот в один из дней краткого отдыха, когда больной старец задремал, к дому подъехал какой-то высокий милицейский чин. Он привёз с собой большое начальство, не привыкшее к отказам и ожиданиям. И, отстранив келейницу, этот высокий чин бесцеремонно вошёл в комнату и стал будить отца Иоанна, хлопая его по плечу. И отец Иоанн потом вспоминал, что, когда он открыл глаза, он увидел прошлое: зону вокруг, грубых надсмотрщиков, а может, и следователя. Старец побледнел и потерял дар речи. Вбежавшая келейница всплеснула руками: «Что вы делаете? Вы же убиваете батюшку!» Неделю болел отец Иоанн. Так бесы через людей мстили старцу.
В последние годы жизни старец поднялся на такую духовную высоту, что возникало чувство: он только телом на земле, а духом уже на небесах. Отец Савватий вспоминает одну такую службу в Неделю ветхозаветных праотцев:
— На этой службе поминали всех ветхозаветных праотцев — Авраама и Исаака, Иакова и Иосифа... Служили бдение, затем вышли на литию. Службу возглавлял отец Иоанн. И вот когда он поминал всех ветхозаветных праотцев, называя их по именам, то возникло чувство: он говорит так, как будто он их всех видит. Вот они проходят перед ним вереницей. А он крестится и кланяется каждому из них. И они его благословляют. Было немного страшно и как бы тесно в храме: как будто церковь наполнилась ветхозаветными отцами и они совсем рядом. Было такое чувство, как будто небо спустилось на землю.
Может, так чувствовали себя те, кто присутствовал при отдании поклонов друг другу преподобных Сергия Радонежского и Стефана Великопермского сквозь расстояние в десять вёрст? Или те, кто присутствовал на службах святого праведного Иоанна Кронштадтского, молящегося с таким дерзновением, как будто он стоит перед Владыкой и Господом нашим и просит Его милости?
И я почувствовал, что отец Иоанн уже духом общается с праотцами. Придя в келью, засомневался: может, это всё мне почудилось? Может, это воображение? Прелесть? Но когда я поговорил с другими отцами монастыря, они подтвердили, что испытывали те же самые чувства.
Когда в 2006 году отец Иоанн умер, это было огромной скорбью для всех его чад. Отец Савватий вспоминает, что на Ленинградском вокзале в Москве целый поезд ехал на похороны батюшки. Даже проводницы терялись, заглядывая в купе: «Вроде бы только что здесь были!» А в купе все одеты одинаково: бородатые мужчины в подрясниках, женщины в платках и длинных юбках — такой это был братский православный поезд. Отец Савватий ненадолго задумывается и заканчивает свой рассказ так: