На протяжении ряда лет в министерствах обороны и внутренних дел, Службе национальной безопасности Киргизии и Национальной гвардии под видом сотрудничества активно действовали представители иностранных и международных структур, прежде всего спецслужб, в значительной степени содействуя деморализации личного состава силовых ведомств, в первую очередь их руководства. В 2004 финансовом году США выделили Киргизии 50,8 млн долларов, которые были потрачены на поддержание «экономических и демократических реформ» в стране, в том числе в таких областях, как выборы, гуманитарная помощь, правоохранительные усилия и безопасность. Другими словами, отступившие перед «революционной» толпой органы правопорядка фактически находились на содержании США.
Так, патриотическая и правоохранительная основа в деятельности киргизской милиции была сведена к минимуму, зато коррупционная составляющая возросла. Применение армейских подразделений было изначально фактически заблокировано псевдогуманистической, псевдодемократической и антиправовой догмой: «Мы никогда не применим военную силу против собственного народа». Применение обоснованной силы во внутриполитических конфликтах, то есть именно то, что делает власть властью, априори было приравнено к преступлению. Это было вполне объяснимо в условиях наступившей к 2004 году десуверенизации киргизской государственности. В штаты силовых структур попадали тогда сторонники самых разных политических и мировоззренческих позиций со всеми вытекающими последствиями.
Процесс разложения силовых структур сопровождался и чрезмерной открытостью информации, относящейся к сфере национальной безопасности. Например, последние два года правительством реализовывалась программа Всемирного банка по «реформе государственного управления» (порядка 20 млн долларов только за 2012 г.), осуществлялся проект ОБСЕ по «совершенствованию правоохранительных структур» (3,5 млн евро). В ходе реализации данных проектов были полностью раскрыты структура и общая информация по количественному и качественному составу госслужащих и правоохранительных органов. В структурах Государственного комитета национальной безопасности (ГКНБ) активно действовали сотрудники и агентура ЦРУ США и Федеральной разведывательной службы (БНД) ФРГ.
По инициативе посольства США в Бишкеке был создан так называемый Региональный институт специальных исследований, куда из штата ГКНБ были переведены несколько десятков офицеров, включая технических специалистов. Создание такой структуры было мотивировано интересами «борьбы с терроризмом», однако ряд косвенных фактов позволяет предположить причастность данного института к подрывной деятельности внутри страны в интересах США. Сотрудники ГКНБ, откомандированные в Региональный институт специальных исследований, полностью находились на обеспечении американской стороны и были выведены из подчинения руководству ГКНБ