Существуют две версии, объясняющие причину позднейшей утраты церковных куполов. Первая повествует, что при захвате турками Кипра в 1571 г. некий высокий паша, подплывая к острову, принял купола храма за мечеть и совершил на них моление. Осознав позднее свою ошибку, он в ярости приказал их разрушить. Вторая версия говорит о разрушении куполов страшным землетрясением.
Возведенный на императорские средства храм позже неоднократно поновлялся, а в XVII в. был перестроен, сохранив лишь отдельные части первоначальной постройки. Здание объединило в себе византийский и готический стили, что придало ему своеобразное очарование.
Когда-то при храме Святого Лазаря существовал монастырь, превращенный при господствовавших франках в обитель бенедиктинцев. Затем им владели армянские римо-католики. При оккупации Кипра турками храм был возвращен (1589 г.) православным грекам, а католикам было позволено дважды в год совершать богослужения в часовне, примыкающей с северной стороны к апсиде храма. Здесь до настоящего времени сохранился католический алтарь. Но в 1794 г. это право было отменено, в связи с католическими претензиями на владение всем храмом. Хоть и храм в начале XVIII в. становится кафедральным собором города, но до середины XIX в. продолжает функционировать по монастырскому уставу. Интересно, что в период турецкой оккупации храмовая колокольня оставалась единственной на Кипре, сохранившей свои колокола.
Одним из лучших на острове считается здешний храмовый резной иконостас, выполненный с удивительным мастерством. В иконостасе 120 разновременных икон, но в основном XVIII в. Есть здесь икона и русского письма — большой образ Пресвятой Богородицы. Наиболее ценной считается икона, писанная в 1734 г., с изображением Лазаря в епископском облачении.
Святая гробница праведного Лазаря находится в крипте, под алтарем храма, там же расположен святой источник. Драгоценная реликвия — его честная глава — хранится в самом храме.
Рядом с церковью расположен небольшой музей, где в экспозициях широко представлены византийская иконопись, деревянная скульптура, церковные облачения и утварь.
В 1972 г. в храме случился сильный пожар, после чего потребовались срочные реставрационные работы. Во время их проведения под алтарем был обнаружен каменный саркофаг с частью сохранившихся мощей, отнесенных специалистами к I в. от Р.Х. Многие верующие считают их подлинными мощами святого Лазаря.
В IX в. мощи святого Лазаря вывезли в Константинополь, там они были захвачены (1204 г.) крестоносцами, во время Четвертого крестового похода, и вскоре перевезены в Марсель.