После секуляризации монастырских земель Екатериной II из монастырской слободы образуется город Кириллов (1776 г.). С этого момента начинается постепенный закат монастыря, погруженного в уездную тишину и патриархальный покой.
После революции монастырь берется под государственную охрану и в 1924 г. преобразуется в историко-архитектурный и художественный музей-заповедник, куда позднее свозятся уникальные памятники деревянного зодчества: церковь Ризоположения (1486 г.), мельница (XIX в.) и другие.
Уникальный архитектурный комплекс Кирилло-Белозерского мужского монастыря входит сегодня в свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации. Здесь сохранились средневековые памятники и фресковые росписи XV–XVII вв. Особо уникальным явлением является почти полностью сохранившийся иконостас Успенского собора. Древние иконы этого иконостаса долгое время были разрознены, оказавшись в разных музеях страны. Но в 2009 г. они возвратились в Кириллов, воссоздав целостность православного памятника. Особо почитаются паломниками его иконы «Вход господень в Иерусалим», «Крещение» и икона Богоматери «Знамение», дарящие верующим чудеса исцелений.
В год празднования 600-летия обители (1997 г.) часть Ивановского монастыря была передана Православной церкви.
Ферапонтов-Белозерский монастырь
Особую значимость для национальной и мировой культуры имеет Ферапонтов монастырь, сохранивший в первозданном виде древнейший собор Северной Руси и уникальный авторский цикл росписей XVI в. гениального Дионисия, одного из лучших древнерусских иконописцев. В бессмертных христианских образах здесь воплощены темы спасения человечества и грядущего Царствия Небесного, исполненных в изысканной гармонии высокохудожественной живописи. Православный памятник включен в список Всемирного культурного наследия ЮНЕСКО.
Монастырь был основан в 1398 г. преподобным Ферапонтом (в миру Феодор Поскочин), пришедшим вместе с Кириллом Белозерским из московского Симонова монастыря. Они поселились вначале на берегу Сиверского озера, на месте будущей Кирилло-Белозерской обители. Но через год Ферапонт ушел на новое место, основав на просторном холме меж двух озер — Бородаевского и Паского, примерно в 20 км на северо-восток, собственный монастырь. Когда собралась небольшая братия, был возведен деревянный храм во имя Рождества Богородицы. По прошествии десяти лет, в отличие от разросшегося соседнего Кирилло-Белозерского монастыря, обитель оставалась небольшой. В те времена белозерские земли входили в удел можайского князя Андрея, сына Димитрия Донского, который имел горячее желание иметь в своем граде монашескую обитель. Князь отправляет милостыню в Ферапонтов монастырь, наделяет его землями, а сам обращается с просьбой прибыть настоятелю в Можайск. Трудно отказывать князю, тем более в те времена, и Ферапонт отправляется в Можайск, где после долгих уговоров соглашается остаться для основания монастыря. Новая обитель на берегу Москвы-реки была основана в тот же 1408 г. и названа Лужецким монастырем. Здесь преподобный Ферапонт останется до самой смерти, несмотря на постоянное желание вернуться в свой далекий заволжский монастырь, и получит местное именование Ферапонт Можайский. Он скончался на 96 году жизни 27 мая 1426 г. и упокоился в храме Рождества Богородицы.