В XII в. крестоносцы построили здесь новую церковь Вознесения (Аценсион), окружив ее высокой крепостной стеной с бойницами, где располагается монастырь Святого Августина. Эта укрепления на Елеонской горе для крестоносцев станут важным стратегическим пунктом, целым звеном в системе фортификационных сооружений, защищавших Иерихонскую дорогу.
После изгнания крестоносцев из Иерусалима монастырский комплекс объявили святыней ислама, отобрали у христиан и превратили в мечеть, в которой почитается отныне вознесение пророка Исы на небо. Все арочные проемы между столбами ротонды закладываются наглухо камнями, оставляя лишь один вход, а сверху надстраивается купол.
Почитаемый камень Вознесения с отпечатком левой ноги мусульмане передвинули от центра часовни ближе к южной стене. Камень с отпечатком правой ноги исчез, о его судьбе существует несколько противоречивых легенд. Одна из них говорит, что в 1244 г. камень с отпечатком стопы был перевезен в Англию и помещен Генрихом III в Вестминстерскую церковь. В XVII в. его наблюдают в Риме, другие также твердо свидетельствуют, что он хранится в мечети Аль-Акса или был отослан в Константинополь турецкому султану.
Настоящий вид мечеть, имеющая восьмиугольную форму, окончательно приобрела в 1835 г., когда ее перестроили из полуразрушенной часовни эпохи крестоносцев. Многочисленные следы остатков церкви крестоносцев можно наблюдать повсюду во дворе: основания колонн и резные капители, каменный алтарь и т. д.
С XV в. христианским общинам предоставляется возможность проводить службы у входа в мечеть, и только францисканцы обладают уникальным правом на проведение богослужений в ней самой. Причем службы здесь допускается проводить только на праздники Вознесения, Преображения и в Лазареву Субботу перед Пасхой. Греческое богослужение совершается на древнем каменном престоле, расположенном рядом во дворе, где, по преданию, находилась Богоматерь во время Вознесения Иисуса Христа. Отличительной особенностью проводимой литургии здесь является одновременное совершение богослужений греческим, армянским, коптским, латинским и сирийским духовенством, которые устанавливают во дворе свои алтари. Греческая служба ведется также на разных языках — греческом, славянском и арабском.
Есть и еще одно интересное местное предание, особо популярное у русских паломников. Дело в том, что направление отпечатка левой стопы направлено на север, свидетельствующее, что Спаситель при своем Вознесении стоял лицом к северу. «Он смотрел в сторону православной России, благословляя ее» — так говорят русские паломники, которых больше других бывает здесь. Следует отметить, что вход для всех христиан в часовню платный. Свято почитаемая часовня традиционно именуется русскими ласково «Стопочка», по I сходящейся здесь святыне — отпечатку стопы Господа на камне. Какие-либо изображения внутри помещения полностью отсутствуют.