Умер чудотворец 30 августа 1533 г. 85 лет от роду и был погребен, согласно завещанию, близ церкви Преображения Господня по правую сторону от алтаря. А 17 апреля 1641 г., во время перестройки собора, братия обнаружила пещеру, в которой стоял гроб, явивший при открытии необыкновенное благоухание. Тело погребенного оказалось нетленным, как и его ризы, а рядом лежал деревянный посох. Летописец описал великое изумление присутствующей братии, и еще больше изумившейся, когда во время служения молебна тело покрылось каплями мира. Игумен сразу послал донесение о происшедшем митрополиту Новгородскому, а тот, в свою очередь, сообщил царю Михаилу Федоровичу. Скоро мощи обследовались группой церковных иерархов, которые установили принадлежность мощей Александра Свирского. В 1644 г. нетленные мощи были переложены в драгоценную серебряную раку, изготовленную по распоряжению царя и установленную в приделе храма во имя преподобного. До революции в монастырской ризнице хранились железные вериги святого, часть гроба, холстинная риза, фрагмент посоха, утраченные в годы большевистских гонений.
Монастырь был одной из богатейших обителей, которой принадлежали обширные земельные угодья, а также подчинялось 27 монастырей и пустыней.
Именно ему принадлежит огромная роль в колонизации обширного олонецкого края, основание новых обителей и просвещение местных языческих народов — карелов, вепсов и чуди. В 1779 г. здесь была учреждена Духовная семинария. Не раз монастырь был разоряем захватчиками: в 1581 г. — шведами, ав 1613 г. — литовцами. Здесь была собрана богатейшая библиотека с древними рукописями, но многие его древние документы безвозвратно погибли в пламени пожаров. В обитель поступали богатые вклады и пожертвования от великих князей, монархов, бояр и купцов, а его ризница блистала драгоценными дарами. Сведения о них кропотливо заносились монахами в «Переписные книги», частично сохранившиеся в монастырском архиве, который разрозненно сегодня размещен в исторических архивах Санкт-Петербурга. Не раз обитель посещали царственные особы, в том числе Петр I (он запечатлен на фресках Троицкого собора), а также императоры Александр I и Александр II.
До наших дней сохранились строения монашеской обители: пятиглавый Преображенский собор с приделом Преподобного Александра Свирского (1644 г.) и пристроенной к нему в 1685 г. церковью Святых Захарии и Елисаветы, храмом Иоанна Дамаскина (1718 г.), братскими корпусами, каменной гостиницей, четырехъярусной колокольней и другими постройками.
Страшная эпоха большевистских разорений коснулась и монастыря. В 1918 г. в стране началась кампания по вскрытию мощей, и одними из первых стали мощи преподобного Александра. Первоначально они были спрятаны монахами в тайнике Троицкого храма, но были обнаружены сотрудниками олонецкого ЧК. Пять монахов были расстреляны, а мощи выставлены в г. Лодейное Поле для «развенчания религиозного фанатизма» и в целях «беспощадной борьбы с врагами коммунистической идеи». Позднее местонахождение мощей теряется. В монастыре организовывается сначала «Свирьлаг», потом детский и инвалидный дома. В Троицком комплексе расположилась психиатрическая больница, находящаяся там до настоящего времени.