Храм принадлежит Коптской православной церкви, которая хоть и считает себя православной, но не состоит в евхаристическом общении с церквами византийской традиции. Коптская церковь является автокефальной, самостоятельной, имеет свою иерархию и патриарха. Коптов-христиан в Египте насчитывается восемь миллионов, и они являются прямыми потомками древних египтян и наследниками их культуры. Богослужение у них ведется на коптском и арабском языках, коптский язык является поздней переработкой древнеегипетского языка, и, что интересно, за богослужением они употребляют старинный музыкальный инструмент систр, звучавший еще во времена фараонов. Коптский же язык сегодня является мертвым и в повседневной жизни уже не используется.
Коптская церковь является по определению монофизитской, признающей только Божественную сущность Христа, отвергая постановления Халкидон-ского Вселенского собора (451 г.). На этом соборе был выработан православный догмат о единстве двух природ во Христе — Божественной и человеческой. Александрийский патриарх Диоскур и его сторонники не поддержали его тогда и были осуждены собором. Копты, составлявшие большинство населения страны и не принявшие халкидонского постановления, долго и мучительно разделялись с греческой Александрийской патриархией. И уже в 536 г. коптами был избран свой первый патриарх. Так, в Александрии наряду с греческим православным патриархатом сформировался монофизитский коптский. Уже тогда он стал подвергаться многочисленным притеснениям со стороны императорской власти. Но когда в VII в. пришли арабы, положение их еще больше ухудшилось. Так, нарушив церковное единство, копты подверглись еще большему гнету. Безмерные налоги, грабежи и насилие неоднократно приводили к восстаниям коптов, которые жестоко подавлялись. Уплатив налог, они унизительно клеймились, те же, на ком клейма не было, подвергались жестокой казни. В X столетии копты обязаны были даже носить на шее большой деревянный крест, пригибавший их к земле. Подобное отношение, а также политика изгнания коптов из страны, особенно с началом Крестовых походов, способствовали значительному сокращению населения. Многие в тот период вынуждены были принимать ислам. И если в XI в. копты составляли большинство населения страны, то к XVI в. они составляли уже лишь 10 %.
Несмотря на богословское расхождение с греческой традицией, сами копты всегда называли себя православными. И первый начальник Русской Духовной миссии на Святой Земле архимандрит Порфирий (Успенский) намеревался возвратить их в лоно Вселенского Православия. Относительно догматических различий отец Порфирий писал, что копты «признают в Спасителе два естества, Божеское и человеческое, одаренное разумной душой, но так, что они по соединении стали одно естество и одно лицо с одной волей и одним действованием». Поэтому архимандрит Порфирий, с разрешения Синода Русской православной церкви, планировал предпринять переговоры с коптским патриархом, которым не суждено было состояться из-за начала Крымской войны и отъезда архимандрита из Палестины.