Каким бы ни было отношение советского населения к своим еврейским согражданам и даже к комиссарам, эффект от зверств айнзацгрупп, по-видимому, был поразительно схожим в большинстве районов. Они порождали ужас, неверие и, наконец, страх того, что никто не может быть в безопасности, никто не застрахован от террора. СС стали самой презираемой и самой опасной немецкой организацией; а остальные немецкие ведомства следовали за ними по пятам, тщетно пытаясь убедить людей в том, что эти целевые группы «не имеют отношения к немецкому народу». Глубокий и непоправимый урон уже был нанесен.
Одним из самых примечательных, но наименее изученных аспектов войны является борьба советских партизан против оккупационных сил. Поначалу основная масса населения на оккупированных территориях, по-видимому, слабо поддерживала партизанские отряды, сформированные советскими властями. Первые партизанские отряды часто распадались и сдавались. Немецкое вторжение пришло с такой скоростью, что системная организация партизан была сильно подорвана. Последующий рост партизанского движения, хоть оно и получало материальную поддержку со стороны советской власти, был возможен только после того, как были выполнены два условия: немецкая политика в отношении военнопленных стала достаточно известной, чтобы побудить многих отставших солдат Красной армии внести свой вклад в партизанское движение вместо того, чтобы сдаться немцам; а немецкая политика в отношении гражданского населения стала настолько беспощадной, что все больше рядовых солдат предпочитали опасности партизанской войны «гражданской жизни» под немцами. Однако уже на первых этапах войны применение немцами грубой силы и террора в борьбе с партизанами подстегнуло значительное количество отставших красноармейцев примкнуть к партизанскому движению.
Относительная непопулярность партизан в первые месяцы войны ставит особый взгляд на усилия Германии по их устранению. Порожденная военными соображениями, а также ощущением физической опасности, изоляцией и самообороной на оккупированной земле, решимость немецкой армии зачистить партизан «любой ценой» демонстрирует некую двойственность. Тот самый утилитарный подход, в свое время раскритиковавший приказ о комиссарах и «колониальную» политику за то, что они лишь укрепили врага, теперь настаивал на проведении армией «профилактики террором». Однако террор и неистовое запугивание вынудило значительную часть населения вернуться в советский лагерь.
Как и с военнопленными, «прагматичный» экстремизм армии в партизанском вопросе усилил «идеологический» фанатизм нацистского руководства. Поначалу Гитлер не обращал внимания на потенциальную опасность, которую партизаны представляли для его военных операций. Все еще убежденный в том, что до победы было рукой подать, он даже с радостью встретил новые предзнаменования войны на истребление. «У этой партизанской войны, – сказал Гитлер своим сподвижникам, – тоже есть свои преимущества: она предоставляет нам возможность истребить любого, кто встанет у нас на пути». Отправляя командиров тыла на зачистку очагов сопротивления, Верховное командование соответствующим образом постановило: «Главным принципом во всех предпринимаемых действиях и мерах является безусловная безопасность немецкого солдата… Русским не привыкать к жестоким и беспощадным действиям со стороны властей. Обязательное и стремительное умиротворение России может быть достигнуто только в том случае, если мы безжалостно разделаемся с любой угрозой со стороны враждебного гражданского населения. Сострадание и снисходительность являются проявлением слабости и представляют опасность».