Его отец Абд аль-Рауф аль-Кудва аль-Хусейни был процветающим торговцем, а в молодости, когда еще существовала Оттоманская империя, служил в полиции. Семья переселилась в Каир из Иерусалима в 1927 году, за два года до рождения Ясира. Они обосновались в респектабельном и космополитическом районе, где жили и ливанцы, и армяне, и греки, и евреи.
Они переселились в Каир, потому что Арафат-старший рассчитывал получить наследство — большой земельный надел, принадлежавший семейству его матери-египтянки. Он двадцать лет вел борьбу за наследство в египетских судах, но так ничего и не добился.
Когда мальчику было всего четыре года, его мать внезапно умерла. Отец остался с семью детьми на руках. Двоих, в том числе будущего председателя ООП, отправили в Иерусалим к дяде. Тот жил в старом городе, и Арафат оказался в центре разгорающегося конфликта между евреями и арабами. Его преуспевающий дядя, шейх Хасан Абу Сауд, был очень близок к великому муфтию, высшему духовному лицу в Иерусалиме. Сам Арафат приходился муфтию племянником.
Бывший офицер турецкой армии, совершивший паломничество (хадж) в Мекку, Амин аль-Хусейни посвятил жизнь борьбе с евреями. Осенью 1941 года он прибыл в Берлин, где его приняли Адольф Гитлер и рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер. Великий муфтий состоял у немцев на содержании. Он помогал Гиммлеру формировать мусульманские подразделения войск СС.
В Боснии великий муфтий мобилизовал на священную войну боснийских мусульман. Они составили добровольческую горно-стрелковую дивизию войск СС Боснии и Герцеговины (13-я дивизия СС). Муфтий вдохновлял молодых боснийцев на борьбу с иноверцами — сербами и хорватами. На совести этой дивизии уничтожение югославских партизан и мирного населения. Она участвовала в кровопролитных боях против Советской армии на территории Венгрии в районе озера Балатон.
В 1945 году новое югославское правительство маршала Иосипа Броз Тито внесло великого муфтия в список военных преступников, подлежащих суду. Он обвинялся в сотрудничестве с нацистами, убийстве тысяч сербов и хорватов. Но великому муфтию удалось избежать наказания.
Египетское правительство и генеральный секретарь Арабской лиги обратились к Тито с просьбой не требовать выдачи великого муфтия во имя добрых отношений с арабским миром. Тито прислушался к просьбе египтян. Югославский суд удовольствовался тем, что вынес великому муфтию заочный приговор.
Муфтий вернулся в Каир. Теперь он посвятил все силы борьбе против обсуждавшегося в ООН раздела Палестины и создания еврейского государства.