Основная часть наследства ФАПСИ, как ни странно, перешла к Федеральной службе охраны: бывшее Первое Главное управление (правительственная связь), войска правительственной связи, главное управление информационных ресурсов (вся информация, которая циркулирует в закрытых сетях органов власти), главное управление информационных систем (изучение общественного мнения). В составе ФСО образовали Службу специальной связи и информации…
Бакатин упразднил бывшее пятое управление, которое занималось политическим сыском, слежкой за интеллигенцией, церковью, национальными движениями:
— Слежка, или политический сыск, или надзор по политическим мотивам, прекращены полностью, за это я могу ручаться.
Такие слова значили многое. Но Бакатин не задержится на Лубянке.
Последний советский министр обороны маршал Евгений Иванович Шапошников просил передать в министерство третье главное управление КГБ — военную контрразведку. Бакатин согласился было, но в Кремле не захотели, чтобы армейская контрразведка стала карманным ведомством министерства обороны. Контроль над армией остался в руках начальника госбезопасности.
Но от контроля над милицией органы госбезопасности временно вынуждены были отказаться — настоял ставший очень влиятельным новый министр внутренних дел СССР Виктор Павлович Баранников.
4 сентября последний председатель КГБ СССР Вадим Бакатин издал приказ «О неотложных мерах по обеспечению формирования и деятельности КГБ РСФСР», которым передал российскому комитету все областные и краевые управления КГБ по России, а также комитеты госбезопасности автономных республик.
Отныне руководители центрального аппарата могли давать указания российским чекистам, только согласовав с Иваненко. И запрещалось мешать сотрудникам КГБ СССР переходить в КГБ РСФСР.
За собой Бакатин оставил координацию работы республиканских комитетов. 30 сентября Ельцин подписал указ об укреплении системы госбезопасности. В пункте третьем черным по белому говорилось: российский КГБ — преемник союзного комитета на всей территории РСФСР.
26 ноября президент России Ельцин подписал указ о преобразовании КГБ РСФСР в Агентство федеральной безопасности России. Его возглавил генерал Иваненко. Но Виктор Валентинович, человек открытый и откровенный, оказался плохим царедворцем. Он не принадлежал к личной команде Ельцина. Его оттеснили очевидные фавориты Бориса Николаевича, которые в штыки встретили чужака.
После Беловежской пущи, 19 декабря, Борис Ельцин подписал указ «Об образовании министерства безопасности и внутренних дел» на базе МВД СССР, МВД РСФСР, Межреспубликанской службы безопасности (КГБ СССР) и Агентства федеральной безопасности РСФСР (бывший КГБ РСФСР).