В 1892 году он поступил сразу в старший класс Московской консерватории, где его учителями по фортепиано были ученик Листа П. А. Пабст и В. А. Сафонов, по музыкально-теоретическим предметам — Н. Д. Кашкин, А. С. Аренский и С. И. Танеев; правда, у последнего он занимался всего один семестр, да и то более числился, чем учился, так как учитель и ученик по-разному подходили к тайнам контрапункта. Однако впоследствии они сохранили уважительные дружеские отношения.
В консерваторские годы Метнер более активно развивается именно как пианист, его композиторские работы еще не переходят порог ученических экзерсисов, хотя обнаружившийся в раннем детстве интерес к сочинительству с годами неуклонно растет. Большую часть времени он отдает Бетховену, Шуману, Листу, на выпускном акте с блеском играет первую часть Пятого концерта для фортепиано с оркестром А. Рубинштейна. По окончании консерватории по классу фортепиано Метнер был удостоен Малой золотой медали. Его первые публичные выступления показали, что в России появился одареннейший пианист, способный в кратчайшее время занять видное место в сознании современников.
Вскоре публикуются тетради фортепианных пьес Метнера (Восемь картин настроений, Три фантастические импровизации), в которых уже обнаруживается его выдающееся композиторское дарование.
Характерный штрих: Метнер никогда не стремился к славе, выступал в концертах крайне редко, однако очень скоро образовался круг увлеченных им слушателей, которых привлекала незаурядная личность музыканта: от него протягивались к аудитории вдохновенные нити-токи.
В 1912 году с Метнером и его женой Анной Михайловной познакомилась Мариэтта Шагинян, она иногда жила у них в московской квартире либо на даче, и там перед ней «раскрывалась необычная, как в хорошей музыке, слаженность семьи, размерявшей свой день как стройную композицию». У Метнеров была прекрасная библиотека, по вечерам они обязательно читали вслух: немецких романтиков (Клейста, Тика, Брентано), Мериме, Стендаля, поэмы Гомера, басни Крылова и Пушкина. «В их быту все личное перегорало и становилось общечеловечным». Будущая писательница загорается идеей «подружить» Метнера с Рахманиновым, который высказал ей однажды мнение о Метнере «как о самом талантливом из современных композиторов». И Метнер в эпоху, когда модернисты отказывались от красоты в ее классическом воплощении, ценил ее в музыке Рахманинова более всего. Прослушав поэму «Колокола» (1913), Метнер сказал Шагинян: «Что меня всегда поражает в Рахманинове при исполнении каждой новой вещи, так это красота, настоящее излияние красоты». Крепкие дружеские отношения связали двух композиторов на целые три десятилетия (до кончины Рахманинова в 1943 году).