Пастырское служение святого праведного Ионы (Атаманского) выпало на тяжелый период отечественной истории: русско-японская война 1905 года, восстание на броненосце «Потемкин», Февральская революция и октябрьский переворот 1917 года, гражданская война 1918–1920 годов, голод, разруха, автокефальный и обновленческий расколы в Церкви, воздвигнутое советской властью гонение на Православие.
В это время святой праведный Иона силой дерзновенной молитвы творил невероятные для нашего рационалистического времени чудеса.
За эти бесконечные излечения, за изгнание бесов враг жестоко мстил семье святого праведного Ионы.
Стоило ему изгнать беса, как в доме происходил пожар без всякой видимой причины. Измученная семья старца не любила, когда приводили бесноватых для исцеления, зная, что снова будут беды.
Враг мстил святому праведному Ионе и через его родных детей. Почти всю жизнь они терпели скорби — их изгоняли из школы, у них были несчастливые браки.
Когда Церковь постиг обновленческий и автокефальный расколы, старец Иона и еще несколько одесских священников не поддались диавольскому прельщению и во все годы гонений, несмотря на угрозы, твердо были верны Святейшему Патриарху Тихону. Позже, убедившись в своей ошибке, обновленческие священники приходили к святому праведному Ионе каяться.
Старец Иона окормлял не только Свято-Михайловский монастырь, находящийся в городе, но и Благовещенский, стоявший в 25 верстах от Одессы. Старец любил его и называл «мое Благовещенское чадо». Монахиня этого монастыря матушка Онуфрия (в мантии Антония (Журова) рассказывала: «Однажды приходит в монастырь женщина и спрашивает: «А кто здесь отец Иона?» Когда ей объяснили, она рассказала свой сон. Явилась ей покойная мать и сказала: «Все забыли о нас, никто не молится, не посещает. И только отец Иона проездом навестил нас и мы получили великое утешение».
Оказывается, действительно святой праведный Иона, проезжая мимо старого заброшенного кладбища, был тронут жалким его видом и остановился там помолиться.
Бывая в Благовещенском монастыре, старец часто предупреждал сестер не подходить к нему, если внезапно увидят его присутствующим на Богослужении. В эти моменты он непостижимым образом, «в теле или вне тела», посещал любимую свою обитель.
В последние годы жизни, предвидя будущие скорби, праведный Иона в храме Благовещенского монастыря сказал: «Я вижу 200 венцов мученических над сестрами». Во время гонений 200 монахинь были замучены.
В 1921 году советская власть под видом помощи голодающим провела акцию изъятия церковных ценностей, которая имела своей целью лишить Церковь богослужебной утвари и подорвать ее жизнеспособность. Во время ее выполнения Свято-Никольский храм лишился многого из своего имущества, а настоятель подвергся вскоре и аресту. Но в защиту своего пастыря выступили рабочие и крестьяне, поднялся такой шум, что власти вынуждены были его выпустить.