Роль судебно-медицинского эксперта в суде активная. Он имеет право задавать вопросы участникам процесса, знакомиться с материалами, относящимися к предмету экспертизы, присутствовать при производстве следственных действий, заявлять ходатайства и др. Таким образом, характер участия эксперта в судебном разбирательстве значительно отличается от такового на предварительном следствии, где эксперт обладает значительно меньшими возможностями активного участия в процессе. При всей активности роли эксперта в суде, она все же ограничена рамками его компетенции, поэтому эксперт может быть освобожден от участия в судебных заседаниях, когда рассматриваются проблемы, не относящиеся к предмету его экспертизы.
В соответствии со ст. 288 УПК РСФСР после выяснения всех обстоятельств, имеющих отношение к экспертизе, участникам процесса предлагается представить вопросы эксперту в письменном виде. Вопросы должны быть оглашены, после чего они обсуждаются всеми участниками. Окончательное формирование вопросов выполняется судом. Они передаются эксперту в письменном виде.
Как правило, по делам, в которых на предварительном следствии уже были проведены экспертные исследования, не требуется проведения повторного исследования объектов, а достаточно изучения первичных материалов. Однако, если все же необходимость исследования объектов с помощью приборов возникает, их необходимо организовать. Такие исследования могут быть проведены в зале судебного заседания, но чаще они требуют специальных лабораторий. Судьи и другие участники судебного разбирательства вправе присутствовать при проведении исследований, где бы они ни проводились.
Выполняя экспертизу в суде, судебно-медицинский эксперт должен учитывать разнообразную информацию, получаемую из различных источников, и в первую очередь результаты ранее проведенных исследований. Необходимо уделить внимание и фактам, зафиксированным в протоколе судебного заседания, их взаимоотношениям с данными судебно-медицинских исследований. Обязательному анализу со стороны судебно-медицинского эксперта подвергаются материалы дополнительных запросов и ходатайств. Вновь полученная информация сопоставляется с собранной ранее, выводы строятся с учетом и той и другой.
Заключение эксперта оформляется в письменном виде, при его оформлении действуют правила, изложенные в ст. 191 УПК РСФСР.
Если вопросы, поставленные перед экспертом, выходят за пределы его компетенции или материалов недостаточно для их решения, эксперт в соответствии со ст. 82 УПК РСФСР сообщает суду в письменной форме о невозможности дачи заключения.