Существовало мнение, что организмы самопроизвольно возникают не только в неживой среде (это блестяще опроверг Пастер), но и в живых организмах. Примером служили так называемые "сыпи", которые иногда без видимых причин высыпали на различных органах растений. Полагали, что паразитические грибы, образующие эти сыпи, возникают самопроизвольно. Необходимо было исследовать происхождение грибов, появляющихся на растениях, и выяснить, причиной или следствием заболевания они являются. Решением этих вопросов занялся немецкий биолог Антон де Бари. Он исследовал биологию нескольких грибов, чаще всего встречающихся на листьях или стеблях растений.
А. де Бари, получивший медицинское образование в Берлинском университете, еще в студенческие годы увлекся ботаникой. Его диссертация на степень доктора медицины по существу была ботанической, так как посвящалась исследованию полового процесса у растений. Позже де Бари стал профессором ботаники и преподавал в университетах Фрейбурга, Галле и Страсбурга. Он провел тщательное исследование пероноспоровых и ржавчинных паразитических грибов, заложив своими опытами основы науки о болезнях растений — фитопатологии.
Де Бари первым использовал метод искусственного заражения растений спорами предполагаемых возбудителей болезней. Ученый прослеживал цикл развития паразита до образования нового спороношения, сравнивая свои наблюдения с наблюдениями за развитием болезни в природе. Эти методические подходы дали ему возможность выяснить, какие условия благоприятны для спороношения возбудителя, прорастания спор, а следовательно, для развития болезни. То есть в отличие от своих предшественников, больше полагавшихся на умозрительные заключения, де Бари сделал основой своих исследований лабораторный эксперимент. Именно с его помощью он доказал: грибы вызывают болезнь, а не зарождаются самопроизвольно в тканях больного растения. Результаты экспериментов де Бари были представлены на соискание премии Французской академии наук по вопросу о самопроизвольном зарождении. Исследования, удачно дополнившие работу Пастера, принесли ученому почетный отзыв академии и премию, которую он разделил с Пастером.
Таким образом, работы Пастера и де Бари подвели итог дискуссии о самопроизвольном зарождении жизни, продолжили исследования микроскопических организмов, начатые Левенгуком, послужили основой для дальнейшего развития микробиологии и фитопатологии.