Выступление против большевиков Отдельного Чехословацкого корпуса кардинально изменило стратегическую обстановку на Востоке России. Казаки стали действовать совместно с чехословаками. В то же время автономное друг от друга выступление казаков в 1-м и других военных округах предопределило в дальнейшем искусственное раздробление территории войска, в результате которого казачьи формирования 2-го и 3-го округов с лета 1918 г. оказались отделены от формирований 1-го округа и подчинены различным антибольшевистским правительствам.
После получения известий о восстании в войске атаман А.И. Дутов, ушедший с небольшим отрядом в Тургайские степи, принял решение вернуться. Под натиском казаков-повстанцев В.К. Блюхер, Н.Д. Каширин (бывший казачий подъесаул) и Г.В. Зиновьев, возглавлявшие силы красных в регионе, со своими отрядами отступили из-под Оренбурга на север, в район Белорецка, и на юг, в Туркестан. 3 июля 1918 г. повстанческие отряды войсковых старшин Д.М. Красноярцева и Н.П. Карнаухова овладели Оренбургом, а 7 июля в город вошел партизанский отряд Дутова. Как и на Дону, между «степняками» и «заплавцами», на Южном Урале существовала определенная рознь между «тургайцами» и участниками восстания на казачьей территории. Однако Дутов сумел одержать верх над оппозицией и стал единоличным властителем на Южном Урале[529].
В Семиречье, как и в некоторых других казачьих регионах, весной 1918 г. также вспыхнуло казачье восстание, причиной которого послужили попытки насильственных реквизиций зерна и оружия. 16 апреля отряд красногвардейцев под командованием левого эсера Щукина был разгромлен казаками станиц Софийской, Надеждинской и Малой Алматинской. Затем пять южных станиц восстали и осадили город Верный, причем отряд казаков сотника Бортникова совершил дерзкий налет на город и освободил из тюрьмы Войскового атамана А.М. Ионова. В период с 24 апреля по 11 мая действовало перемирие, которое было на руку скорее красным, рассчитывавшим на подход свежих сил из Ташкента. Действительно, в мае из Ташкента прибыл отряд А. Мураева (около 600 бойцов), который совместно с семиреченскими большевиками и красногвардейцами начал успешные действия против повстанцев. По некоторым данным, пленных с целью устрашения населения рубили прямо на станичных площадях. В итоге к началу июня восстание было жестоко подавлено, а само войско упразднено. Несмирившиеся казаки вскоре вновь восстали. На этот раз их поддержали части Степного Сибирского корпуса Сибирской армии. 21 июля Семиреченский отряд полковника Ф.Г. Ярушина взял Сергиополь, захват которого стал сигналом для казачьего восстания на севере области. В ответ на это верненские большевики предприняли ряд энергичных мер по подавлению опасного для них мятежа. Однако белые сумели взять под свой контроль все Северное Семиречье. С 29 августа по 7 сентября они контролировали Лепсинск, а в конце сентября 1918 г. в Семиречье установился стабильный антибольшевистский фронт. По мере освобождения территории войска от красных возрождалось и семиреченское казачество.