Одним из первых после омского переворота 18 ноября 1918 г. атаман Дутов признал власть адмирала А.В. Колчака, политическую позицию которого разделял. Однако именно Оренбургское войско больше других пострадало от последствий этого переворота. В Оренбурге противники Дутова и Колчака – деятели партии эсеров, лидеры национальных окраин и представители оппозиции Дутову в лице командующего Ташкентской группой войск полковника Ф.Е. Махина и атамана 1-го военного округа Оренбургского войска К.Л. Каргина готовили заговор против Дутова, одним из далеко идущих последствий которого могло стать воссоздание уже ликвидированного Комуча и раскол антибольшевистского лагеря на Востоке России. Случайно заговор был раскрыт, и вооруженный переворот не удался[547]. Однако впоследствии, в феврале 1919 г., башкирские части под влиянием участника заговора, лидера башкир А.-З. Валидова перешли на сторону красных.
На территории Сибирского казачьего войска главной движущей силой, освободившей этот регион от красных, были чехословаки, участники подпольных организаций и добровольцы (в ряды которых поступали и казаки), а самостоятельные казачьи выступления, по всей видимости, играли вспомогательную роль. В ряде центров таких, как Павлодар и Усть-Каменогорск, казаки совместно с подпольщиками приняли участие в свержении большевистской власти. Формировались станичные дружины, часть из которых была стянута в города. Разумеется, эти формирования носили самоохранный характер, не имея ни дисциплины, ни слаженности, ни цели бороться с большевиками за пределами не только войска, но и уезда. С освобождением своей округи такие отряды расходились по домам. Частично войсковой администрации удалось использовать дружинников в качестве территориальных частей, но для антибольшевистской борьбы эти формирования практически никакой пользы не несли. Помимо дружин самоохраны в войске существовали и партизанские отряды. Наиболее известны были отряды есаулов Б.В. Анненкова и И.Н. Красильникова, численностью в несколько сотен бойцов каждый. Эти отряды не были укомплектованы по принципу войсковой принадлежности, к популярным атаманам шли и казаки и неказаки, нижние чины и офицеры, учащаяся молодежь. Отряд Красильникова действовал в Западной и Восточной Сибири, отряд Анненкова – в Западной Сибири, на Урале, а позднее и в Семиречье[548]. Формировались и штатные казачьи части, сведенные к концу 1918 г. в отдельную Сибирскую казачью бригаду под командованием полковника А.И. Белова. Впрочем, в условиях отсутствия линии фронта вблизи войсковой территории мобилизационные усилия сибирского казачества в 1918 – начале 1919 г. нельзя назвать значительными.