Красным сдались 2 генерала, 70 офицеров и 1088 нижних чинов. Была захвачена и значительная часть войсковой казны (около 1300 кг). Сдавшиеся в плен под большевистские гарантии генералы Г.К. Бородин и С.Е. Толстов (отец атамана) были впоследствии расстреляны. Лишь 214 казаков и гражданских лиц во главе с атаманом Толстовым накануне сумели вырваться из Форта и уйти на юг – к границам Ирана[583]. Часть этой группы затем перебралась на Дальний Восток, приняв участие в заключительном акте Белой борьбы в Приморье. Из Приморья казаки перебрались в Корею, а затем в Китай и в Австралию, ставшие основными центрами уральской казачьей эмиграции.
На положении Отдельной Оренбургской армии (общая численность – 18 863 человека при 53 орудиях и 309 пулеметах, по данным на 18 января 1919 г.[584]) очень скоро сказались осенние неудачи белых на Волге. Уже 22 января 1919 г. в результате соединенного наступления частей 1-й советской и Туркестанской армий (общая численность – 23 500 человек при 76 орудиях и 254 пулеметах, по данным на 15 февраля 1919 г.) казаки оставили Оренбург. Далее красные планировали, заняв южную часть Урала, развить наступление на Челябинск. Отдельная Оренбургская армия была вынуждена отходить на восток, потеряв связь с уральцами.
Основной задачей армии было не позволить красным наладить регулярную железнодорожную связь с Туркестаном, поэтому войска должны были бороться буквально за каждый клочок железнодорожного полотна. Задача была выполнена, но моральный дух казачьих частей резко понизился, начались самовольный уход по домам и переходы на сторону красных. Это явление было вызвано неудачами на фронте и значительным переутомлением войск в результате продолжительных боев, а также милиционным характером комплектования частей. Для повышения боевого духа частей атаману Дутову пришлось осуществить ряд преобразований в войсках (были расформированы ненадежные части, укреплена дисциплина), что дало положительный результат.
Армия отходила вглубь войска – на территорию 2-го военного округа и перешла в контрнаступление только в середине марта, благодаря успехам белых на фронте Западной армии. Буквально за месяц были заняты ранее оставленные районы, в том числе города Орск и Актюбинск (ранее не был под контролем казаков), а 19 апреля началась Оренбургская операция, затянувшаяся до августа: казаки осадили свою былую столицу. В то же время оренбургцы успешно действовали на пермском и уфимском направлениях.
10 апреля 1919 г. красными из состава 1, 4, 5-й и Туркестанской армий была создана Южная группа Восточного фронта под командованием М.В. Фрунзе. Сконцентрировав ударную группу в районе Бузулук – Сорочинская – Михайловское (Шарлык), 28 апреля Фрунзе начал контрнаступление. 13 мая красные заняли Бугуруслан, 9 июня – Уфу. Сражение в районе Челябинска также закончилось для белых неудачно, и 24 июля город был занят красными. В августе 1919 г. боевые действия на этом участке фронта переместились в Зауралье.