Эти рукописи написаны уже после тех событий, о которых они повествуют, через 100-200 лет. Они не вписываются в догматы христианства и потому не признаны каноническими, но, вполне вероятно, что они не являются вымыслом и отражают определенную долю истины. На основе этих документов можно предположить, что Иуда не предавал Христа, и что вместо Христа был распят кто-то другой. Автор романа выдвинул версию, согласно которой распят был Иисус Варавва. Эта версия нашла свое отражение в повести «Апостол Иуда», здесь она получила дальнейшее развитие.
Ирина Хотина, а также французский писатель Робер Амбелен в книге «Иисус или смертельная тайна тамплиеров» делают предположение, что Иисус не был сыном плотника Иосифа, а сыном Иегуды Галилеянина, поднявшего восстание против римлян после смерти Ирода Великого, именно он посвятил Иисуса в назореи. Иосиф после гибели Иегуды, взяв младенца Иисуса и его мать Марию, бежит в Египет, спасаясь от преследований. Сыновья Иегуды Галилеянина Симон и Иаков были казнены. Но если это так, то речь может идти только об Иисусе Варавве, поскольку Иегуда Галилеянин мог посвятить своего сына в секту аскетов лишь с одной целью – продолжить вооруженную борьбу против поработителей.
Правда, в этом случае родословная Иисуса оказывается не соответствующей Евангельской, но вполне годна для мессии, который мог происходить не только из рода Давида, но и из ветви левитов. Наличие родословной в евангельских текстах вообще противоречит догмату христианской религии о непорочном зачатии, ведь если он был зачат от духа святого, и Иосиф не был его отцом, то к чему так тщательно выписывать родословную?
Возникают и другие вопросы, на которые евангельские тексты ответа не дают. В Евангелии сказано, что священники искали случай, чтобы расправиться с Христом. Возникает вопрос: зачем? Чем не устраивал их этот проповедник, которых было не так уж мало, существовало множество сект, по-своему толкующих Завет, но они все как-то уживались меж собой и не вели войн на уничтожение. Почему нужно было убить Христа? Ни одно Евангелие не дает нам ответа на этот вопрос, но если предположить, что в качестве Христа, Мессии, люди воспринимали не только Иисуса Назареянина, а и Иисуса Варавву, то все становиться на свои места – может быть лишь один Мессия, и этим одним должен быть Варавва, поскольку священники поддерживали идею вооруженного сопротивления римскому владычеству. Эта мысль и нашла свое отражение в романе.
Евангелист Лука пишет, что Понтий Пилат отправил Иисуса Назареянина к Ироду Антипе, поскольку тот был родом из Галилеи, вотчины тетрарха Антипы. У прокуратора с тетрархом были непростые отношения, даже враждебные, но после того, как Ирод Антипа вернул Иисуса обратно Пилату, их отношения наладились. Возникает вопрос: В чем была причина враждебных отношений прокуратора и тетрарха, и почему они так вдруг нормализовались?