В этих же университетах Махаяны позже, примерно с VІІІ в., стал развиваться и буддизм Ваджраяны. Здесь нужно указать, что традиционно буддизм Ваджраяны всегда считал себя частью Махаяны. Значительная часть современных буддологов разделяет это традиционное понимание, ибо философская основа, цели и пути их достижения являются общими как для Махаяны, так и для Ваджраяны. Ваджраяну от Махаяны отличает дополнительный метод – devatāyoga [4, с. 20–26] – и работа с тончайшими энергиями человеческого индивидуума. С развитием Ваджраяны, в особенности с появлением йог высшей тантры, научное направление в индийском буддизме стало углубляться. Ярким свидетельством этого стала система Калачакры, появившаяся в буддизме Ваджраяны в конце Х – начале ХІ века в Индии. Современные буддологи определяют Калачакру как «синтез и кульминацию индийского буддизма Ваджраяны» [4, с. VI]. Калачакра тантра включила в свои тексты напрямую или косвенно дисциплины, аналогичные космологии, астрономии, астрометрии, хронометрии, эмбриологии, физиологии, психо-физиологии, анатомии, медицины, фармакологии, алхимии, ботаники, психологии и философии [3, с. 45]. Совершенно очевидно, что, соприкасаясь с Калачакрой, мы имеем дело, кроме всего прочего, с наукой, и впервые в начале ХХІ века в силу углубленного изучения Калачакры в буддологии появилось такое понятие, как «концепция науки традиции Калачакры» [3, с. 43–55], а впоследствии уже и понятие «буддийской науки», имея в виду буддизм Махаяны и Ваджраяны в целом [5].
Известно, что буддизм определяется в науке как философия, а также как религия; есть различные точки зрения по поводу его принадлежности к философии или религии. Характерно, что именно с углубленным изучением буддизма Ваджраяны, и прежде всего системы Калачакры, в конце ХХ века и начале ХХІ о буддизме в буддологии стали все больше говорить и как о науке. В востоковедении нет сомнения в том, что западные концепции религии и философии трудно применить к буддизму в целом. Буддийская философия и религия не соответствуют в полной мере тому, что на Западе принято определять как философию и религию. К этой проблематике добавился теперь и вопрос о науке: буддийское понимание науки во многом не соответствует современной западной концепции науки, и к этому вопросу мы вернемся. А отвечая на вопрос, что такое буддизм, мы бы хотели привести мнение двух ученых: санскритолога и ведущего буддолога, знатока письменной Калачакры Весны Уоллес, а также индолога и крупного ученого-космиста Людмилы Васильевны Шапошниковой.