Все строительные проекты пришлось приостановить; последние надписи в южном Копане относятся к 822 году, а около 850 года сгорел королевский дворец. Город так и не оправился от этого. Кто-то умер от болезней и голода, но большинство земледельцев и строителей, видимо, просто ушли. На протяжении столетий население города неуклонно сокращалось, и к 1250 году долина Копана по большей части покрылась непроходимыми джунглями. То же самое произошло и с другими майяскими городами-государствами — не со всеми сразу, а постепенно, так как на севере агония продолжалась несколько дольше.
Все эти события происходили на фоне активных эпидемий Лейшманиоза — второго по опасности для жизни паразитарного заболевания в мире, уступающего по смертоносности только малярии. Здесь жители страдали от мукозного лейшманиоза, который называли «ута». Это страшное заболевание, обезображивающее лицо, наводило огромный ужас на майя, моче, инков и другие древние народы, — так как его считали наказанием или проклятием богов. В Перу и других местах археологи нашли захоронения людей (перуанских мумий), у которых лейшманиоз зашел так далеко, что вместо лица осталась только гнилая дыра — болезнь съела все, включая лицевые кости.
На древних перуанских керамических изделиях процесс обезображивания зафиксирован так точно, что можно выделить все клинические стадии заболевания: распад мягких носовых тканей, полное исчезновение носа и губ и, наконец, разрушение костей — носовой перемычки, верхней челюсти и зубов. Популярное перуанское наказание путем отрезания носа и губ, было простой имитацией лицевых деформаций, вызванных болезнью, которые могли считаться возмездием со стороны жестоких богов.
Когда в Америке появились испанские конкистадоры, они пришли в ужас, увидев обезображенные лица местных жителей в низинах, особенно у тех, кто выращивал коку. Испанцы решили, что имеют дело с разновидностью проказы, и назвали болезнь «лепра бланка» — «белая проказа». С годами мукозный лейшманиоз приобрел много других названий в Латинской Америке: «тапирий нос», «сиплый голос», «губчатая рана», «большая язва». Естественно, все это были мягкие симптомы болезни, более тяжелая форма заболевания, поражая внутренние органы, сразу сводила человека в могилу.
Распространение этой ужасной эпидемии вызвало настоящую панику среди индейцев майя. Часть из них, бросив все, ушла на более сухой полуостров Юкатан. Там известковая почва быстро пропускала воду в глубину, не вызывая застаивание почвенных вод, служащих питательной средой для размножения комаров и москитов. Но это особо делу не помогло, полуостров с трех сторон окружен океаном и влаги там, хоть отбавляй. Цивилизация немного потрепыхалась на полуострове, но все равно погибла еще до Колумба, оставив лишь свои загнивающие остатки.