Указ о введении президентского правления в Литве Горбачев не подписал, но события в Вильнюсе все равно начались. Через два дня после переговоров в кабинете Болдина московские газеты сообщили о создании в Литве Комитета национального спасения, который «решил взять власть в свои руки». Состав комитета держали в тайне, от его имени выступал секретарь ЦК компартии Юозас Ермалавичюс.
Генерал Станислав Цаплин рассказал «Известиям» 18 октября 1991 года:
— Я не был литовским Пиночетом хотя бы потому, что происходившим руководили люди такого уровня, что мне они и руки б не подали. В Вильнюс приехал генерал-майор Иван Васильевич Федосеев, заместитель начальника управления «З» КГБ СССР (защита конституционного строя). Генерал-майор Юрий Александрович Калганов, заместитель начальника 3-го управления (военная контрразведка), со своими группами находился в Северном военном городке. 11 января прибыла часть «Альфы» (человек пятьдесят — семьдесят) под командованием полковника Михаила Васильевича Головатова. Нам сказали, что она нужна для охраны объектов КГБ в Вильнюсе.
В Северном военном городке находился и генерал-полковник Всеволод Алексеевич Ачалов, заместитель министра обороны СССР по экстремальным ситуациям. Он занял кабинет командира дивизии и всех вызывал к себе для доклада. Цаплина тоже вызывал.
Ждали президентского указа о введении президентского правления. Председатель КГБ Литвы генерал Ромуальдас Марцинкус распорядился: пока нет указа, никуда не лезть. Но обошлись и без литовских чекистов.
11 января части внутренних войск, подчиненных союзному министру Борису Пуго, заняли Дом печати, междугородную телефонную станцию и другие важные объекты в Вильнюсе и Каунасе. В ночь с 12 на 13 января в Вильнюсе провели чекистско-войсковую операцию — сотрудники отряда «Альфа» 7-го управления КГБ, подразделения воздушно-десантных войск и ОМОН заняли телевизионную башню и радиостанцию. Погибли тринадцать человек.
Министр внутренних дел Литвы, пытавшийся остановить кровопролитие, не мог даже дозвониться до Пуго. Сумел соединиться только с бывшим министром Бакатиным. Вадим Викторович позвонил Горбачеву на дачу. Михаил Сергеевич сказал, что Крючков ему уже все доложил, и отругал Бака-тина за то, что он преувеличивает и напрасно нервничает. Погибли один-два человека, говорить не о чем…
Председатель КГБ Крючков, министр обороны Язов и министр внутренних дел Пуго в один голос заявили, что они тут не причем. Местная инициатива: «начальник гарнизона приказал».
Все ждали: как поведет себя Горбачев? Попытается отмежеваться от исполнителей? Или скажет: «Все правильно»? Горбачев не сделал ни того, ни другого. Заявил в парламенте, что все происшедшее для него полная неожиданность.