В 1941 году Судоплатов прилагал максимум усилий к освобождению из лагерей всех, кто был нужен для специальных операций. Именно ему принадлежит идея создания школ для подготовки диверсантов-разведчиков с целью заброски в тыл врага. Только немногие (даже среди сотрудников органов госбезопасности того времени) знали, что в/ч № 9903 — это и есть «школа разведчиков и диверсантов».
О размахе его деятельности в этом направлении говорят цифры, за которыми стояли ошеломляющие результаты. Только в оккупированные немцами районы СССР его «школой» было подготовлено и отправлено на задание свыше четырехсот РД-групп и РД-отрядов. Двадцать два его подчиненных удостоены звания Героя Советского Союза. Среди них легендарные Николай Кузнецов, Александр Шихов, Евгений Мирковский, Зоя Космодемьянская, Вера Волошина и другие.
Павел Анатольевич принимал активное участие в уникальных операциях с радиоиграми по дезинформации немецкой военной разведки и вермахта «Монастырь» и «Березино», проводимых в течении четырех лет. Именно Судоплатов подготовил и предоставил Берии список ученых для последующего их освобождения из лагерей для участия в создании «урановой бомбы».
Он имел прямое отношение к разгрому националистического подполья на территориях Западных областей Украины, Белоруссии, а также в Прибалтике. Он задумал и спланировал операцию 1942 года по устранению Гитлера с участием польского князя Радзивилла. Для этой цели в Берлин была заброшена группа диверсантов. Но Сталин посчитал, что устранение Гитлера в тот сложный период войны нецелесообразно.
На третьем году войны немецкими спецслужбами был разработан план по убийству Сталина в Тегеране на международной встрече «Большой тройки» — советского лидера, Рузвельта и Черчилля. Операцию должен был возглавить начальник секретной службы СС Отто Скорцени. Но она провалилась благодаря противодействию нашей разведки и контрразведки, в том числе подразделению Смерша, возглавляемому подполковником Николаем Григорьевичем Кравченко. Это ему, военному контрразведчику Смерш, за успешную работу по предотвращению физического устранения «Большой тройки» гитлеровскими спецслужбами было присвоено звание генерал-майор.
Кстати, кремлевский бунтарь Хрущев в 1959 году из-за мести и ненависти к Сталину и «сталинскому волкодаву» приказал «накопать» компрометирующие материалы на фронтовика, начальника Особого отдела КГБ Прикарпатского военного округа генерал-майора Николая Григорьевича Кравченко. Следователи накопали бредятину, что явилось основанием его увольнения. Больше того, Хрущев приказал лишить его квартиры, 50 процентов пенсии и запретить носить военную форму. Обвинения были столь надуманы, что с ними не согласился даже друг Хрущева, руководитель КГБ генерал Серов. Но против лома нет приема — заслуженного генерала, участника боев на фронтах, получившего несколько ранений, забытого героя Тегерана отправили на «заслуженный отдых».