Судоплатов пробился на прием к Сталину и убедил его в политической нецелесообразности таких действий украинского политикана. Сталин прислушался к мнению опытного контрразведчика. Левицкого освободили, а планы о депортации украинцев в восточные области России вождь отменил. Никита Сергеевич этот свой прокол, ставший достоянием вождя через Судоплатова, запомнил и держал злость до поры, пока не взобрался на властный трон. Как говорится, чем больше выпадает зубов, тем больнее человек кусается. У Хрущева с жевательным аппаратом, говорят, тоже было плохо…
Судоплатов много чего знал о проделках киевского руководителя на территории Украины, поэтому Хрущев не мог развернуться в полную силу с применением волюнтаризма, пока существовала «сталинская гвардия». Ее надо было обезвредить — бросить на нары или ликвидировать. Еще следует лишний раз подчеркнуть, что Никита Сергеевич не мог простить Судоплатову обиды, когда тот убедил Сталина не отправлять на Восток молодежь Западной Украины. Он видел в этом большую опасность. По одной из версий, только для того, чтобы задобрить украинское партийное руководство он в 1954 году передал Крым Украине. Сегодня очевидно, как был прав Наполеон Бонапарт, говоривший, что только правда оскорбительна. Крым был детищем России со времен Екатерины II. Этот шулерский подарок полуострова руководству УССР, украденный у России, правоведы считают незаконным по многим юридическим параметрам. Почему он такое сотворил? На этот вопрос есть один ответ — задобрить новых руководителей, чтобы они не поднимали шума из-за кровавых репрессий, сотворенных им в республике.
21 августа 1953 года генерал-лейтенант Судоплатов был арестован в своем кабинете на Лубянке и обвинен в заговоре с целью «уничтожения членов советского правительства и реставрации капитализма». Он был опасен Хрущеву, так как доподлинно знал всю подноготную проводимых руководителями НКВД А. И. Успенским и И. А. Серовым не только в УССР массовых репрессий против советских граждан.
Таким образом, Судоплатов оказался на волосок от гибели. Некоторые приближенные шептуны из сталинского партийного ареопага предлагали новому хозяину Кремля ликвидировать Судоплатова, в частности, Маленков. Но для суда нужны были неопровержимые доказательства его преступной деятельности против СССР. А их не могло быть по определению. Генерал, наоборот, являлся патриотом существующего в то время строя, и делал все необходимое, чтобы бороться с врагами Родины, и открытыми, и тайными. Активную роль Судоплатов играл и в пресечении деятельности троцкистских организаций.