Молотов очень переживал из-за ареста жены, Полины Жемчужиной (Перл Соломоновны Карповской), еврейки, брат и сестра которой находились в США. До 1939 года она являлась наркомом рыбной промышленности, а потом — начальником Главка текстильно-галантерейной промышленности Наркомата легкой промышленности.
В 1948 году на приеме по случаю 31-й годовщины Великой Октябрьской социалистической революции, данном Молотовым для аккредитованных в Москве иностранных дипломатов, Жемчужина демонстративно уединилась с послом Израиля Голдой Меир и заявила ей на идише: «Я — еврейская дочь». По приказу Сталина под принуждением следователей двух ее подчиненных заставили оболгать ее и признаться, что они были с ней в интимной связи.
29 января 1949 года она была арестована и обвинена в том, что «на протяжении ряда лет находилась в преступной связи с еврейскими националистами». Она провела год в тюрьме, а потом ее выслали в Казахстан.
В феврале 1953 года заместитель Берии генерал-полковник Гоглидзе вызвал министра госбезопасности Казахстана Фитина и приказал перевести Жемчужину на Лубянку. Фитин, до недавнего главный разведчик страны, понял: эти действия верхов говорили о попытке обвинить Молотова в связях с сионистами. Но это было уже не при Абакумове, а при новом руководителе МГБ Игнатьеве.
На октябрьском 1952 года партийном пленуме Сталин открыто выступил против Молотова и Микояна, объявив их заговорщиками. Тут он, по всей вероятности, имел в виду, что под влиянием жены Молотов стал проводником политики по Крымскому вопросу, диктуемой спецслужбами Израиля через Голду Меир. Жемчужина действительно находилась с нею еще с довоенного времени в дружественных отношениях и давала советы мужу о передаче Крыма под Еврейскую автономную республику. По воспоминаниям Константина Симонова, участника пленума:
«В. М. Молотов на трибуне признает свои ошибки, оправдывается и заверяет, что он был и остается верным учеником Сталина. Сталин (прерывая Молотова): «Чепуха! Нет у меня никаких учеников. Все мы ученики великого Ленина».
Так ли это было или не так, пленум сопровождала одна странность — стенография не велась.
До конца июня 1953 года Берия работал в тесной связке с Маленковым и Хрущевым по всем знаковым делам. Но 26 июня Лаврентия Павловича арестовали или, по другой версии, убили по заданию Хрущева. «Авиационное дело» скомпрометировало Маленкова. Соперников из бывших приближенных Сталина на пост хозяина Кремля нет. Остается один кандидат — Хрущев. Казалось бы, поскольку Абакумова посадил Берия вместе с Маленковым, логично было бы ждать, что Хрущев прекратит дело Абакумова. Однако этого не произошло, а характер обвинения в его адрес вновь меняется.