Другим попаданием такого же снаряда, прошедшим до этого через офицерские жилые помещения, был пробит кормовой траверз левее барбета у самой бронепалубы. Едва проломив броню, снаряд остановился, так и не взорвавшись. Около десятка среднекалиберных попаданий легли в корму, сильно разрушив адмиральские помещения и каюты офицеров, где начался пожар. В целом, полученные повреждения не были смертельными но, уходя из-под обстрела, броненосец потерял почти десять минут драгоценного времени.
За эти десять минут вода смяла и порвала внутреннюю продольную переборку угольных ям правого борта второй кочегарки, и отделение начало быстро заполняться водой. Водоотливные средства не справлялись. Приемники эжекторов осушительной системы почти сразу забило углем. В аварийном порядке стравили пар из котлов и загасили топки, еле успев эвакуировать людей. Крен вправо дошел до 8°, а в корме вода хлынула через две пробоины в верхнем поясе, опустившиеся под воду. Кроме того, полностью погрузился в воду 10-миллиметровый пояс позади цитадели, и волны начали захлестывать в пробоины небронированного борта, считавшиеся до этого безопасными. Срочными контрзатоплениями удалось уменьшить крен до 3°, но корма продолжала погружаться, быстро увеличивая и без того сильно возросшую осадку. Вся самая толстая броня по ватерлинии ушла под воду, и броненосец погрузился почти до батарейной палубы.
Едва вырвавшись из-под обстрела, занялись срочной заделкой множества ставших подводными пробоин. Пластыри, заведенные на пробоины в носу, позволили прекратить поступление воды в носовые отсеки, но кормовые пробоины перекрыть полностью не удавалось, и броненосец продолжал садиться все глубже.
«Сикисима», покинув линию, вскоре присоединился к отступающему «Микасе», участвуя вместе с ним в перестрелке со старыми русскими кораблями. Он, так же как и флагман, остро нуждался в срочной заделке пробоин, а вместо этого получил дополнительные повреждения кормовой части, в том числе подводную пробоину в левом борту. Два попадания тяжелых бронебойных снарядов пришлись в батарейную палубу и вывели из строя два каземата, к счастью, без взрывов и пожаров. Когда, наконец, удалось окончательно выскочить из боя, броненосец был уже практически обречен. Вода в правом машинном отделении поднялась на полметра выше настилов, залив мотылевые колодцы и нижние шейки вала. При работе механизмов эта вода, смешанная с маслом, разбрызгивалась по отсеку, до крайности осложнив обслуживание машины, которая начала работать со все усиливающимся стуком. Кроме того, появилась сильная вибрация. Видимо, пострадал и сам правый вал или его подшипники. Вскоре машину пришлось остановить.