В самый разгар работ 7 июня прибыл командующий Тихоокеанским флотом вице-адмирал Бирилев. На введение его в курс дела и разделение полномочий времени не было, поэтому Рожественский с Бирилевым просто договорились, что оперативные и тактические вопросы остаются за наместником, а все тыловое обеспечение переходит к ком-флота. Поскольку так будет лучше для дела.
Окончательно перебравшиеся в резиденцию еще к 29 мая разведывательно-аналитический, технический и стратегический отделы штаба вместе со специальными комитетами образовали главный штаб Тихоокеанского флота. Его возглавил капитан первого ранга Кладо, отвечавший за планирование операций еще при Скрыдлове.
А оставшийся на борту флагмана тактический отдел, как стал называться несколько расширившийся за счет пополнения офицерами с выведенных из состава флота подбитых кораблей бывший штаб второй эскадры, теперь являлся оперативным, или походным штабом наместника Императора на Дальнем Востоке. Его все так же возглавлял капитан первого ранга Клапье де Колонг. Этим оперативным штабом в кратчайшие сроки и была разработана первая операция Тихоокеанского флота, опирающегося на базу Владивосток.
В ходе детальной проработки этой вылазки возникла мысль использовать выход крейсеров в море еще и для набеговой операции против порта Наойецу и железнодорожных тоннелей в районе этого города. Учитывая элемент внезапности, так как все крейсера по документам еще не закончили ремонт, что, скорее всего, было известно японцам, операция имела шансы на успех, учитывая слабость береговой обороны противника на западном побережье японских островов.
В случае успешного нападения на тоннели это позволило бы перекрыть сообщение с расположенным севернее портом Ниигата по суше и одновременно пополнить за счет японцев парк портовых плавсредств. Поскольку в Наойецу погрузка и разгрузка судов осуществлялась только при помощи лихтеров, по словам тех, кто видел их в деле, очень подходящих также для перевозки десантников и даже лошадей и артиллерии, их там было достаточно много. Оставалось убедить японцев поделиться.
Конечно, такая выходка не останется незамеченной, но это было нам только на руку. Кроме нарушения японского железнодорожного сообщения и решения интендантских задач, атака этого порта позволит также оттянуть японские силы, базирующиеся на Хакодате, к югу, открыв пролив.
Учитывая важность этой акции, для прикрытия крейсеров сначала даже выделялся «Николай I», который должен был продолжить работы со своей артиллерией уже в походе. Но затем от этого прикрытия вообще отказались, так как один старый тихоходный броненосец только задерживал бы наши легкие силы, будучи не в силах их защитить при встрече с японскими тяжелыми кораблями.