Между тем «к началу Русско-японской войны ни Разведочное отделение Главного штаба, ни Департамент полиции МВД не смогли противостоять наплыву иностранных шпионов, и в первую очередь, японских. Помимо Главного штаба, борьба с иностранным шпионажем была возложена в армии на разведывательные отделения штабов военных округов, а на флоте — на Главный морской штаб (иностранную его часть). Как показала практика, “…шпионская деятельность иностранных государств” не встречала существенных препятствий со стороны военных органов, так как “совсем не было отпуска на контрразведку (содействие в иных случаях Департамента полиции было лишь на бумаге)”»[20].
А на бумаге все почему-то выглядит несколько внушительнее, нежели в действительности. Те же самые «разведывательные отделения штабов военных округов», которые занимались разведкой «внешней и внутренней» — разведкой и контрразведкой, — состояли лишь из начальника отделения, одного или двух его помощников и нескольких вольнонаемных чиновников. Всё же работали — и не без успехов. В Варшавском округе, например, с 1900 по 1910 год было выловлено более 150 немецких и австрийских шпионов разного сорта.
Русско-японская война показала необходимость реформирования Русской армии. В частности, уже 21 июня 1905 года была учреждена должность начальника Генерального штаба, который непосредственно подчинялся царю с правом личного ему доклада, а 25 июня было объявлено о формировании Главного управления Генерального штаба (ГУГШ) — центрального аппарата Генштаба, за счет выделения из Главного штаба ряда управлений. Разведочное отделение входило в управление генерал-квартирмейстера, который считался ближайшим помощником начальника Генштаба. Впрочем, российские реформы — процесс безостановочный и непредсказуемый. В 1908 году начальник Генштаба был переподчинен военному министру и докладывать императору мог уже только в присутствии своего начальника; со следующего года военный министр вообще остался единственным докладчиком государю по всем делам ведомства. Если учесть, что министр — лицо более политическое, нежели военное, то особой пользы это не принесло…
«Конфронтация Департамента полиции и… Разведочного отделения Главного штаба продолжалась до 1905 года и к январю окончательно парализовала деятельность последнего. В одном из рапортов от 14 января того же года начальник Разведочного отделения докладывал: “При таких условиях Отделение не может выполнять возложенных на него задач, а потому прошу указания относительно направления дальнейшей деятельности Отделения”. Нам не известна реакция Главного штаба. Годовой отчет за этот год начинается с горького признания: “В истекающем 1905 году Разведочное отделение осталось все в том же стесненном положении, которое создал ему Департамент полиции в предшествующем году”. Сотрудники Департамента полиции продолжали по-прежнему разработку тех объектов, которые считали важными, постоянно вторгаясь в сферу деятельности ГУГШ»