Девятнадцатого декабря 1918 года состоялось заседание бюро ЦК ВКП(б) с участием В. И. Ленина, где, как написано в протоколе, «слушали» вопрос «О военном контроле». Было принято постановление, в котором говорилось, что «по вопросу об объединении деятельности ВЧК и Военного контроля решено согласиться с положением, выработанным при Реввоенсовете. Заведующим Военным контролем назначить т. Кедрова, если не встретится возражений со стороны Реввоенсовета…».
На заседании, проведенном в ночь с 26 на 27 декабря, члены РВСР приняли решение о назначении Кедрова начальником уже не Военного контроля — этот термин ушел в историю, но Особого отдела. Притом оговаривалось, что «общее руководство Особым отделом по указаниям Реввоенсовета Республики лежит на члене РВСР Аралове»[99], который входит «постоянным членом с правом решающего голоса в коллегию Всероссийской чрезвычайной комиссии».
В свою очередь, председатели фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий назначались соответствующими реввоенсоветами и утверждались ВЧК. В дивизиях, полках и батальонах назначались комиссары ЧК, которые утверждались соответствующей высшей инстанцией.
Четвертого января 1919 года М. С. Кедров издал приказ № 1 по Особому отделу, требуя немедленно приступить к «слиянию» на фронте и в округах органов ВК и ЧК, организовывая таким образом фронтовые и тыловые особые отделы — работу эту предлагалось завершить уже к 15 января. Начальниками особых отделов фронтов и армий временно оставались руководители соответствующих органов ВК, а за основу организации принималась тогдашняя структура Военного контроля, но без отделений военной цензуры, агентурной разведки и следственной части — первые два выделялись в самостоятельные органы, подчиненные Региструпу РВСР, следственную работу рекомендовалось передать ЧК в тылу, а на фронте — Реввоентрибуналу…
Впрочем, в пункте 10-м «Постановления ВЦИК об Особых отделах при ВЧК», опубликованном 21 февраля 1919 года, этот вопрос определялся по-иному:
«Особым отделам предоставляется право ведения следствий и всех связанных с ними действий, как то: обысков, выемок и арестов, кои производятся по собственным Особого отдела ордерам или по ордерам Всероссийской или губернских чрезвычайных комиссий».
При организации Особого отдела отбирались «надежные работники из числа коммунистов», а беспартийные могли привлекаться к работе лишь «с особой осторожностью». Фактически происходила ликвидация Военного контроля, в результате чего многие опытные контрразведчики просто оказались не у дел, что, разумеется, не лучшим образом сказалось на результатах деятельности новой военной контрразведки.