Ицхак Замир заявил премьер-министру Пересу, что намерен передать все материалы, включая документы и свидетельские показания, в полицию для официального расследования. Речь шла не просто о том, как надо обращаться с захваченными террористами. Это был вопрос об ответственности руководства, о морали и доверии. Единственным вариантом прекращения огласки Замир считал немедленную отставку Шалома. Перес срочно посоветовался с «клубом премьеров», Шамиром, вице-премьером, и министром обороны Ицхаком Рабином. «Клуб премьеров» пришел к выводу, что надо как можно скорее отправить в отставку Замира. Но министр юстиции решил пока не уходить, а закончить расследование дела «Шин Бет», и 18 мая официально передал материалы в полицию.
Государственное телевидение передало краткое (изуродованное цензурой) сообщение о расследовании, затрагивающем «Шин Бет». Но американское телевидение, пренебрегая запретом, сообщило, что Аврахама Шалома подозревают в том, что он лично отдал приказ об убийстве двух террористов и что правительство пытается спустить это дело на тормозах, несмотря на протесты собственного министра юстиции.
23 июня Шалом инициировал тайное ночное заседание всего кабинета министров. Правительство приняло беспрецедентное решение: глава «Шин Бет» и 3 «бунтовщика» будут отправлены в отставку, а 11 сотрудников «Шин Бет», в той или иной мере связанных с этим делом, будут прощены, и им не надо будет представать перед судом. Кабинет также создал правительственную комиссию из трех прокуроров для расследования дела «Шин Бет». Комиссия установила, что глава «Шин Бет» лгал, приказывал лгать своим подчиненным и обманывал тех, кто проводил предыдущие расследования. Приказ об убийстве террористов отдал не кто иной, как сам Шалом. Раненые террористы были отправлены в штаб-квартиру «Шин Бет» для допроса и потом убиты. Шалом утверждал, что он просто действовал в рамках властных полномочий, предоставленных ему премьер-министром. Шамир признал факт разговора с Шаломом, но отрицал приписываемое ему указание «не брать пленных».
В докладе отмечалось, что представитель «Шин Бет» в комиссии Зореа, Йосси Джиноссар, был «троянским конем» Шалома, информировавшим своего босса о направлениях расследования и оказывающим влияние на заключение комиссии в пользу шефа «Шин Бет». Джиноссар изменял некоторые показания, скрывал свидетельства и документы. Перед каждым заседанием комиссии он инструктировал сотрудников «Шин Бет», которые должны были выступить перед комиссией, чтобы их показания не противоречили другим.