Он был среди пионеров социализма, но затем утра-тил интерес к нему. Проработав (и очень успешно) около десяти лет в еврейском колхозе, Иссер вместе со своей веселой и энергичной женой Ривкой вышел из киббуца и открыл свое небольшое предприятие по упаковке апельсинов.
С началом Второй мировой войны он вступил в «Хагану» и с 1944 года работал в «Шаи», разведывательной службе этой организации.
В ходе и после Второй мировой войны он собрал огромный архив, в котором сосредотачивались документы о нацистских преступниках, материалы по внутренней и внешней безопасности и многочисленные сведения о странах-соседях. Слухи об этом архиве, который хранился в' потайной комнате снятой в Тель-Авиве квартиры, вызвали большой интерес англичан. Тогда Иссер предпринял нестандартный ход: нашел подходящего рабочего, который оборудовал тайную комнату в строящемся многоквартирном доме. О тайнике не знал ни архитектор, ни другие рабочие. Там Харел хранил секретные документы вплоть до того времени, как англичане покинули страну и стало возможно использовать более подходящее охраняемое помещение в Яффе.
Годы подполья оказались отличной школой. В разгар войны 1948 года Бен-Гурион отметил разведывательный талант Харела и начал способствовать его продвижению по службе. В 36 лет Иссер стал первым директором «Шин Бет». А затем Бен-Гурион назначил Харела одновременно директором «Моссада»; так Иссер Харел, подотчетный только премьеру, на многие годы стал фактически вторым человеком в Израиле.
Ко времени назначения на пост руководителя «Моссад» ему было всего 40 лет, хотя он выглядел на все 50. Однако впечатление о нем как о пожилом и усталом человеке было обманчивым: Харел обладал неутомимой юношеской энергией.
В быту Иссер был предельно скромен, почти аскетичен. Он не был замешан ни в одном скандале на бытовой почве, был кристально честен — и насаждал атмосферу строгости и честности в обеих организациях, которыми он руководил.
Один из бывших сотрудников вспоминает: «…он смотрел прямо в глаза и никогда не отводил взгляда. Чем больше Харел смотрел на вас, тем суровее он казался. В разговоре с ним вы всегда чувствовали себя виноватым. Достаточно было малейшей оплошности, и вы могли потерять доверие Харела, даже если для этого не было серьезных оснований»’. Оплошности могли быть не слишком значительными: например, когда Иссер узнал, что один из лучших сотрудников под благовидным предлогом провел недельку на курорте с любовницей, он его немедленно уволил.
Харел был бессеребренником — и это при том, что распоряжался самостоятельно средствами «Моссад» и не отчитывался ни перед кем, даже перед правительством. В 50-е годы, когда разведчики были фактически единственными, кто мог вывозить из Израиля сравнительно крупные суммы в валюте, он подавал своим сотрудникам пример, сдавая по возвращению остатки средств прямо в аэропорту. А за малейшие финансовые злоупотребления карал жестко и неукоснительно. Но тем, кто работал добросовестно и был предан делу по-настоящему, Харел оказывал поддержку во всем, что только было в его возможности. Если кто-то из агентов попадался, Харел предпринимал все усилия для его освобождения. И, кстати, вопреки практике большинства разведок, не считал арест агента и его тюремное заключение за границей основанием для прекращения сотрудничества. Многие агенты, «проваленные» не по их вине, с новыми легендами и в новых странах продолжали работу, порой очень успешную.