Однако реформисты-радикалы, доминировавшие в Совете и одним ударом повергшие Говардов, не собирались входить в сговор ради их возвращения в силу. Под предлогом избавления Генриха от душевных страданий, они с жаром, неусыпным тщанием и продуманной решимостью взялись за расследование с целью отыскать следы супружеской измены. Совет производил собственное разбирательство, а король по необходимости санкционировал дальнейшие действия. Выразив возмущение поступками Екатерины в Совете, а потом расплакавшись, Генрих устранился от следствия и уединился ото всех, «не имея другого общества, кроме музыкантов и развлекавших его менестрелей». Погрузившись в печаль, он отказывался заниматься делами, что развязало руки его советникам. Он не отдал приказа, чтобы дело Екатерины слушали в суде, но поручил это парламенту.
В обращенной к парламенту речи лорд-канцлер Одли «преувеличил проступки королевы до наивысшей степени», то же сделали и все прочие, причастные к расследованию. Настоятельное желание советников не упоминать публично о помолвке Екатерины с Деремом, «что могло бы послужить ей в защиту», показывает, с какой решимостью стремилась реформистская фракция погубить королеву. Аннулирования брака было недостаточно, поскольку оставалась опасность, что злость и горе Генриха со временем утихнут и он будет готов простить свою горячо любимую бывшую супругу.
В парламенте лорд-канцлер выразил беспокойство Генриха, что Екатерина «не имела возможности оправдаться». После того как ее осудили, «король, желая вести дело более гуманно и в большем соответствии с формальной стороной закона, послал к ней некоторых советников и прочих из упомянутого парламента с предложением явиться в палату парламента и выступить в свою защиту», что было необычно в процессах о лишении гражданских прав и состояния. «Это было бы наиболее приемлемо для ее любящего супруга, если бы королева могла обелить себя таким образом». Очевидно, лорды имели в виду надежды короля на то, что она это сделает.
Джованни Станкини слышал, что Генрих «собирается осудить королеву на пожизненное заключение». Имперский посол Юстас Шапюи рассуждал: «Вероятно, если король не имеет намерения жениться вновь, он может проявить к ней милость, или, если обнаружит, что имеет возможность развестись под предлогом супружеской измены, то возьмет себе другую». Недостоверная «Испанская хроника» (вероятно, в данном случае не такая уж недостоверная) сообщает: «Король хотел было спасти королеву и обезглавить Калпепера, но Совет сказал ему: да будет известно вашему величеству — она заслуживает смерти, потому что предала вас в мыслях, и если бы имела возможность, то предала бы и на деле». И тогда король решил, что их обоих следует казнить.