По роду своей врачебной деятельности Серебренниковой часто приходилось бывать в разъездах по губернии. Во время этих поездок она близко наблюдала деревенскую и заводскую жизнь. Ее глубоко возмущали каторжные условия существования трудящихся. Евгения Павловна страстно мечтала о том времени, когда «человек человеку будет братом». Но действительность была безрадостна. «Надеяться сейчас на улучшение материального благосостояния народа — благие пожелания», — утверждала она в отчете о своей десятилетней работе.
В письме к А. В. Кролюницкому Евгения Павловна писала: «Общественный режим гнетет. Удовлетворяет ли меня моя деятельность вообще? Нет! — за исключением таких периодов, которые я называю медовыми месяцами. Лишь только дело начинает идти ровно, буднично… я чувствую, что я больше могу делать, что у меня больше способностей, чем на лечение больных, а где же теперь приложить их, когда и говорить-то не смеешь, не то что писать или действовать?»
В связи с простым народом черпала Серебренникова новые силы. В 1895–1896 годах она, губернский окулист, загруженный основной работой, находит время для чтения курса публичных лекций по истории России. Среди слушателей ее было много рабочих. Евгения Павловна замечает, что это уже не забитые, недавно оторванные от сохи крестьяне, с которыми она встречалась в Екатеринбурге и Салде. С большим уважением смотрит Серебренникова на новое поколение рабочих — на их организованность, выдержку, чувство собственного достоинства.
Все свои силы Серебренникова отдала служению народу. Напряженная работа в глазном отделении, разъезды по губернии, преподавание в фельдшерской школе, огромная общественная деятельность подорвали здоровье Серебренниковой.
Уже в самом начале 1896 года Евгения Павловна стала чувствовать постепенный упадок сил. Нарастало малокровие.
Несмотря на это, она участвует в Киевском съезде врачей, продолжает плодотворную работу в глазном отделении. В феврале 1897 года здоровье резко ухудшилось. Появились судороги, временная потеря сознания и другие симптомы опухоли головного мозга.
Жители Перми с большим участием следили за ходом болезни Евгении Павловны. Врачи установили постоянное дежурство около больной. Запросы о состоянии здоровья Серебренниковой шли из разных мест России.
19 апреля 1897 года Евгения Павловна Серебренникова скончалась.
У гроба покойной было установлено почетное дежурство. На имя П. Н. Серебренникова и в адрес Александровской больницы пришло множество телеграмм с соболезнованием: из Петербурга и Ялты, Чердыни и Тифлиса, Ирбита и Киева, Екатеринбурга и Новгорода, Воронежа и других городов.