Пройдя послеиспытательный ремонт на верфи ВМС в Филадельфии, крейсер направился в Мэн, к острову Кампобелло, где 1 июля 1933 года принял на борт Президента Рузвельта. Выйдя в тот же самый день в море, корабль через двое суток прибыл в Аннаполис, где принял на борт шесть министров нового кабинета.
4 июля, высадив на берег Президента, «Индианаполис» вернулся на верфь ВМС в Филадельфии.
6 сентября на крейсере поднял флаг министр ВМС США Клод Свэнсон, направлявшийся в инспекционную поездку по военно-морским базам Тихого океана. Крейсер посетил Зону Панамского капала, военно-морские базы в Сан-Педро и Сан-Диего, а также Гавайские острова. 27 октября министр в Сан-Диего покинул крейсер, а 1 ноября 1933 года «Индианаполис» стал флагманским кораблем разведывательных сил Тихоокеанского флота. Приняв участие в маневрах у Западного побережья США, крейсер 9 апреля 1934 года покинул Лонг-Бич и 29 мая прибыл в Нью-Йорк, где снова принял на борт Президента Рузвельта для предстоящего смотра флота.
18 ноября 1936 года «Индианаполис» снова принял на борт в Чарльстоне Президента Рузвельта, который намеревался совершить визиты в ряд латиноамериканских стран. После визитов Президента в Рио-де-Жанейро, Буэнос-Айрес и Монтевидео крейсер 15 декабря вернулся в Чарльстон, где высадил на берег Рузвельта и сопровождающих его лиц.
Растущая международная напряженность вынудила командование американского флота увеличить интенсивность учений и боевой подготовки на случай возможной агрессии против Соединенных Штатов.
После внезапного нападения японской авиации на Перл-Харбор «Индианаполис» был включен в состав 12-го оперативного соединения, в составе которого вел поиск японских авианосцев, находившихся, по сообщениям разведки, в районе Гавайских островов.
13 декабря 1941 года крейсер прибыл в Перл-Харбор, где вошел в состав 11-го оперативного соединения и начал подготовку к боевым действиям с японцами.
Первые боевые действия «Инианаполис» провел в южной части Тихого океана, в контролируемых противником водах, примерно в 350 милях южнее Рабаула. Вечером 20 февраля 1942 года американские корабли были атакованы восемнадцатью двухмоторными японскими бомбардировщиками, летевшими двумя волнами. В последовавшем бою 16 самолетов противника были сбиты истребителями с авианосца «Лексингтон» и точным зенитным огнем с кораблей охранения. Позднее были уничтожены два японских гидросамолета, пытавшихся осуществить слежение за американским соединением.
10 марта Оперативное соединение, усиленное авианосцем «Йорктаун» атаковало японские базы Лае и Саламоа на Новой Гвинее, где противник сосредоточил крупные десантные, силы. Палубные самолеты с американских авианосцев достигли полной внезапности, подойдя к целям с юга над горным хребтом Оуэн Стэнли. Им удалось нанести тяжелые повреждения боевым кораблям и транспортам противника. При этом американские истребители сбили много японских самолетов, пытавшихся защитить свои базы от удара с воздуха.