ВЧК быстро выяснила ключевую организацию, стоявшую за забастовщиками — «Союз трудовой интеллигенции» и «Союз Союзов». С ордером на бланке ВЧК за подписью Ф. Э. Дзержинского, сотрудник комиссии анархо-индивидуалист Ф. П. Другов, в этот период также исполнявший обязанности коменданта ВЧК, провел обыск в квартире 17 в доме 46 по Литейному проспекту, где находился центр забастовщиков. В результате обыска были изъяты платежные ведомости забастовщиков с указанием фамилий лиц, получавших от стачечного комитета денежную помощь во время забастовки. Были выявлены источники этих средств — лица и организации их предоставлявшие. Тем самым ВЧК удалось лишить финансовых средств забастовщиков, вынуждая их выйти на работу. Также было выявлено участие отдельных лиц в руководстве забастовкой и произведены соответствующие аресты. Изолированными были руководители «Союза Союзов» А. М. Кондратьев, И. А. Ильяшевич и Н. И. Харьковцев. В дальнейшем задержанные освобождались под подписку о неучастии в актах саботажа в будущем. 1 марта 1918 г. ВЧК полностью завершила дело об организации саботажа и передала его в революционный трибунал. На следующий день ревтрибунал освободил единственного остававшегося под арестом фигуранта дела — председателя «Союза союзов» А. М. Кондратьева[98].
После успешного расследования в первые недели декабря 1917 г. деятельности центрального стачечного комитета «Союза союзов служащих государственных учреждений», руководившего забастовкой чиновников и ряда других дел, ВЧК сосредотачивает свое внимание на проведении оперативных мероприятий, связанных со скорым открытием в Петрограде Учредительного собрания.
К этому времени сформировалось руководящее ядро ВЧК — коллегия, члены которой утверждались Советом Народных Комиссаров, что еще раз подтверждало ее подконтрольность СНК и в дальнейшем вызывало нападки на данный порядок назначений со стороны левых эсеров[99]. Уже 8 декабря 1917 г. руководящий состав ВЧК начал претерпевать изменения. Не вошедшие по различным причинам в ВЧК Г. К. Орджоникидзе, К. А. Петерсон, В. К. Аверин, В. А. Трифонов и В. Н. Васильевский из первоначального списка принятого СНК 7 декабря 1917 г. заменялись новыми членами.
В этот и последующие ближайшие дни в комиссию были делегированы В. В Яковлев (К. А. Мячин), А. П. Смирнов, В. Р. Менжинский, В. В. Фомин, И. Н. Полукаров, С. Е. Щукин, С. П. Чернов и другие лица. Ключевое положение в коллегии ВЧК занимали Ф. Э. Дзержинский (председатель), Я. Х. Петерс (отвечавший, в том числе, за финансовые вопросы), И. К. Ксенофонтов (первоначально секретарь комиссии, позднее с 11 декабря эти функции выполнял левый эсер И. И. Ильин), Д. Г. Евсеев (с 11 декабря выполнял обязанности заместителя председателя) и В. В. Фомин. Положение остальных членов коллегии ВЧК определялось более узкими задачами, порою носивших временный характер. Так, В. Р. Менжинский должен был отвечать за борьбу с саботажем чиновников бывшего министерства финансов и банковских служащих.