В марте 1950 г. К. К. Родионов, который несмотря на назначение так и не приехал в Москву и все это время оставался в Греции, был снят с должности заместителя председателя КИ и переведен Чрезвычайным и Полномочным послом в Швецию. Вместо него были назначены два заместителя председателя из числа кадровых сотрудников внешней разведки НКВД — МГБ — генерал-майор П. М. Журавлев и полковник В. П. Рощин. В эти же дни произошли кадровые перестановки в неоперативных подразделениях — секретариате, информационном управлении, отделе кадров, разведшколе и т. д. (подробнее см. ниже). Также в 1950 г.4-й отдел 5-го Управления, занимавшийся научно-технической разведкой, был преобразован во 2-й отдел КИ.
В апреле 1950 г. решением Политбюро для «взаимной помощи в разведывательной работе против капиталистических государств и клики Тито в Югославии» при разведывательных службах стран народной демократии — Албании, Болгарии, Венгрии, Китая, КНДР, Монголии, Польши и Чехословакии (в ГДР разведка, и, соответсвенно, представительство КИ были созданы позже) — были созданы представительства КИ.
Подразделениями КИ руководили:
Секретариат:
Главные секретари — А. С. Панюшкин (30.5 — 24.10.47), Г. В. Бочаров (48–50, и. о.), И. И. Тугаринов (10.3.50–12.1.52)
1-е Управление
Англо-американское. Начальники — К. М. Кукин (10.47 — 8.50), А. И. Раина (24.8.50–12.1.52), полковник;
2-е Управление
Европейское. Начальник — И. И. Агаянц (24.7.47–12.1.52).
3-е Управление
Восточное. Начальник — А. М. Отрощенко (24.7.47–12.1.52).
4-е Управление
Нелегальная разведка. Начальники — А. М. Коротков (24.7.47 — 9.9.50), А. В. Тишков (4.51–12.1.52), полковник;
5-е Управление
Информация, дезинформация, до 1950 г. также научно-техническая разведка. Начальники — П. М. Журавлев (24.7.47–13.3.50), С. П. Новоселов (12.1950 — 12 января 1952 г.), подполковник;
6-е Управление
Военная разведка (до 2.49). Начальник — М. Ф. Панфилов (24.7.49–29.1.49)
7-е Управление
Шифровальное. Начальники неизвестны.
1-й отдел
Использование министерств и ведомств СССР в разведывательных целях. Начальник — С. М. Федосеев (24.7.49–29.12.51)
2-й отдел
Эмиграция, перемещенные лица (до 1949). Начальник — А. С. Гукасов (24.7.47 — 3.49)
2-й отдел (II)
Научно-техническая разведка (c 1950). Начальники — А. И. Раина (1950, и. о.), Л. Р. Квасников (9.50–12.51)
Отдел кадров
Начальник — В. Л. Анисимов (9.47–12.51 и 4.53 — 4.56)
Особая инспекция
Начальники — А. Ф. Сененков (7.47–25.9.51), Ф. А. Скрягин (10–12.51)
РАШ — ВРШ
Начальники — Е. И. Кравцов (6 — 10.47), М. А. Аллахвердов (47 — 9.48, и. о.), А. Ф. Маланичев (9.48 — 1.49),