Помимо христианских демократов досталось от владыки и правым националистам из братства Стефана Великопермского, которые восстали на правящего архиерея за то, что тот рукоположил в священнический сан еврея. Члены братства обвинили Русскую Церковь в "жидовстве", перешли в старообрядчество, а оттуда в скором времени -- в движение Александра Баркашова.
Что касается взглядов самого вл. Афанасия, то он еще в застойные годы бесконечно конфликтовал с административными органами советской власти и до сих пор сохранил твердые антикоммунистические убеждения.
В целом отношение общественности и властей к РПЦ в Перми неблагожелательное. Администрация не шла на контакты с архиереем. Несмотря на указ президента, пермские власти сопротивлялись передаче храмов, не говоря уже о материальной поддержке епархии. Лишь перед выборами в декабре 1995 года была впервые выделена символическая сумма на восстановление главной святыни края -- Белогорского монастыря. В этом отношении Пермская епархия одна из самых неблагополучных. В бывшем кафедральном соборе располагается музей пермской деревянной скульптуры. Вл. Афанасий, понимая национальную значимость этого уникального собрания, просил освободить хотя бы алтарную часть собора и дополнительно к деревянной скульптуре открыть иконную экспозицию из коллекции, хранящейся в запасниках. На территории соборного кладбища, где покоятся останки новомучеников, расположен зоосад. Епархия умоляет городские власти перевести его в другое место -- реакция отрицательная.
Были и есть в Русской Православной Церкви архиереи, с которыми, в силу их политической ангажированности, местной власти трудно налаживать взаимоотношения. Но пермский случай -- иной. За исключением застарелой неприязни к коммунистам вл. Афанасий аполитичен, либерален и способен на компромисс. Позиция же администрации нам интересна не сама по себе, но потому, что поведение администрации фокусирует и отображает общее настроение населения.
В Перми, как и повсюду, сохранялась должность уполномоченного по связям с религиозными организациями. Он всячески тормозил возврат церковного имущества, интриговал. Любопытно, что пермским властям, настроенным принципиально демократически, более всего подошел именно такой стиль работы. В 1995 году в Перми разгорелся скандал из-за того, что церковный дом при крупнейшей в городе Феодосиевской церкви, в котором вл. Афанасий намеревался устроить богадельню, передали обществу инвалидов, а те по нищете сдали его в субаренду коммерческим структурам. Дом соединен коммуникациями и подвалом с рядом стоящим храмом. Раньше в подвальном помещении располагалась крипта, а теперь хранится водка. Оскорбленный владыка требовал вернуть дом Церкви или хотя бы вывезти водку, грозил устроить по всему городу крестный ход, но ничего не помогло. Получил отказ. Более того, тогдашний председатель Законодательного собрания обратился к Патриарху Алексию с просьбой заменить архиерея на более покладистого.8