Московские власти устроили пышную встречу Иеремии, однако русского митрополита среди встречавших не было. Лишь через восемь дней патриарха торжественно приняли при дворе царя. Отправился туда он верхом на “осляти” – прозрачный намек на вход Господень в Иерусалим, – но Федор Иоаннович, встав с трона, прошел не сажень, как прежде, а только половину. Либо в Москве подозревали, что Иеремия может быть не совсем настоящим патриархом – в Константинополе тем временем мог появиться патриарх-соперник, – либо выражали неудовольствие тем, что он не привез вестей по важнейшему вопросу. Гостя не позвали к царю на обед, а предложили вести переговоры с приближенными царя, которые спросили патриарха о положении православной церкви в Османской империи. Затем патриарха отпустили обратно в подворье, велев ожидать.
Иеремия жил на своем подворье почти в плену, формально будучи свободным. Один из членов его свиты сетовал на строгий надзор: “Никому из местных жителей не дозволяли ходить к нему и видеть его, ни ему выходить вон с подворья, – и когда даже монахи патриаршие ходили на базар, то их сопровождали царские люди и стерегли их, пока те не возвращались домой”>3. Если антиохийский патриарх Иоаким провел в Москве меньше двух месяцев, то Иеремия жил почти год – с июля 1588-го до мая 1589 года. В конце концов он исполнил то, что от него ждали хозяева: учредил патриархат и возглавил интронизацию первого патриарха Московского.
Интронизация патриарха, избранного поместным собором, состоялась в конце января 1589 года. Как ожидалось, патриархом стал митрополит московский Иов. В мае Федор дозволил Иеремии уехать из Москвы, вручив ему щедрые дары. Таким образом, греческий гость получил что хотел. Ценой его свободы стало утверждение патриаршества в нарушение действовавших церковных канонов. Лишь четыре года спустя все восточные патриархи, привыкшие к денежной помощи Москвы и зависимые от нее, признали правомочность действий Иеремии.
Теперь Москва стала столицей патриархии. Формально русская патриархия была самой младшей, уступавшей древним Константинопольской, Александрийской, Антиохийской и Иерусалимской. На деле же эта поместная церковь была самой богатой в православном мире, обладала самой обширной территорией. Мощь ее исходила прежде всего от царя, ее истинного главы, а не от первоиерарха. Новоставленный патриарх Иов не только не участвовал в переговорах с Иеремией II, но даже не говорил с ним до совершения чина интронизации в качестве патриарха. В уложенной грамоте об учреждении патриаршего престола Москва вновь названа Третьим Римом: “Так как ветхий Рим пал от аполлинариевой ереси, а второй Рим – Константинополь – находится в обладании у безбожных турок, то твое, благочестивый царь, великое российское царство – Третий Рим – превзошло благочестием все прежние царства; они соединились в одно твое царство, и ты один теперь именуешься христианским царем во всей вселенной”