Жизнь, бурное развитие современной науки и, в частности, реактивной техники вносили свои коррективы в систему подготовки военных авиационных кадров. Требовался коренной пересмотр всех учебных программ и сроков пребывания будущих высококвалифицированных летных специалистов в стенах учебного заведения.
В этой связи на училище была возложена новая ответственная задача — начать подготовку офицеров-летчиков с высшим образованием для частей сухопутной военной авиации. Отсюда оно и получило новое наименование: «Ейское высшее военное авиационное ордена Ленина училище летчиков».
Министр обороны СССР утвердил новое Положение, определяющее функции учебного заведения. В нем указывалось:
«Лицам, успешно окончившим четырехлетний курс обучения, выдавать дипломы общесоюзного образца о высшем образовании с присвоением квалификации «летчик-инженер»; комплектование училища производить гражданской молодежью и военнослужащими срочной службы в возрасте 17—21 года, имеющими среднее образование и годными по состоянию здоровья для обучения в летных вузах».
Началась коренная перестройка всего учебного процесса. Эту ответственную работу организовал коллектив училища. Под руководством Героя Советского Союза полковника Петра Изотовича Наумова и начальника политотдела полковника Ивана Петровича Милохова личному составу довелось открыть новую страницу в истории «Ейского».
Прежде всего учебные планы были приведены в соответствие с программами высшей школы. А затем, согласно новым штатам, в учебно-летном отделе ввели общенаучные кафедры высшей математики, физики и химии, технической механики.