К 1487 г. положение изменилось к худшему: единственными партнерами флорентийского отделения остались Лоренцо Великолепный и Джовамбаттиста Браччи. Последний не инвестировал в компанию капитал, но ему причиталась 1/10 прибыли «в виде заработной платы, чтобы компенсировать его усилия». И все же конец близился. Браччи суждено было стать последним управляющим отделением. Он еще находился в должности в 1494 г., когда Медичи утратили власть и отправились в ссылку. Все их имущество, в том числе флорентийское отделение, конфисковали.
Конец Банка Медичи совпал с концом прославленной Корпорации менял. Исчезал один банк за другим. К 1495 г. количество участников корпорации настолько сократилось, что не из кого стало выбирать цеховых старшин. Перестали вести журнал. Кризис не сводился к одной Флоренции; он распространился на банки по всей Европе. В Брюгге «меняльные лавки», которые постепенно превратились в депозитные банки, удушались враждебной денежной политикой и вытеснялись из дел. То же самое происходило в Венеции, где в 1499 г. все расчетные банки (giro), кроме одного, накрыла волна банкротств. Только в Испании средневековые расчетные и депозитные банки пережили бурю. Пока остается загадкой ответ на вопрос, что вызвало общий кризис. Возможно, банковский кризис стал одним из проявлений общего краха европейской торговли в конце XV в. Флорентийское банковское дело вновь начало процветать после 1500 г., но на новой основе, в новой форме и с новыми именами.
В 1398 г., вскоре после учреждения штаб-квартиры во Флоренции, Джованни ди Биччи де Медичи и его партнер, Бенедетто ди Липпаччо де Барди, решили открыть контору в Венеции. Как уже говорилось выше, контору открыли в виде опыта и вначале не как отдельную компанию, а как небольшой подотдел римского филиала, которым управлял фактор, Нери ди Чиприано Торнакуинчи. Прибыль, полученная Венецией в первые три года (1398, 1399 и 1400), включена в прибыль, полученную римским филиалом, и не выводится отдельной строкой в libro segreto Банка Медичи.
25 марта 1402 г. образовали настоящий филиал, которому ассигновали капитал в размере 5 тыс. венецианских дукатов, или 5225 флорентийских флоринов. Через несколько месяцев этот капитал увеличили до 9 тыс. флоринов, поскольку Медичи внесли еще 2775 флоринов, а Нери Торнакуинчи – 1000 флоринов, свою долю. Судя по отчетам последнего, чистая прибыль за 1401 г. – последний год до образования компании – составляла 1720 флоринов. Прибыль перечислили на счет Джованни ди Биччи и Бенедетто де Барди. На следующий (1402) год, после необходимых отчислений на зарплату к выдаче и резерв по сомнительным долгам чистая прибыль составляла около 3 тыс. флоринов, из которых Нери получил 1/4, то есть 750 флоринов. Оставшиеся 2250 флоринов были должным образом поделены между Джованни ди Биччи и Бенедетто де Барди. Последние проводки позже пришлось вычеркнуть: обнаружилось, что Нери сообщал о вымышленных прибылях, а на самом деле компания терпела убытки. Он сообщал о прибылях и в последующие три года (1403–1405), но они так и не были переведены на счета партнеров.