Именно в это время многим вспомнились слова известного востоковеда Масона, который еще в 1925 году говорил о том, что у этого места какая-то необычная энергетика. Ведь, по свидетельству очевидцев, от гробницы периодически исходило необъяснимое свечение. И конечно, загадочность этого удивительного места не подвергалась сомнению жителями самого Самарканда. Однако в 1925-м начать серьезное исследование не представлялось возможным. У молодого государства было слишком много других дел, казавшихся более важными. Тогда лишь с помошью специальных приборов измерили так называемое биополе гробницы. Оно оказалось очень сильным.
В 1941-м исследования начали с гробницы Шахруха. Второго июня ровно в восемь утра ученые сняли крышку с его гробницы. Оказалось, что останки сохранились очень плохо: для работы был взят лишь череп и небольшой сохранившийся фрагмент позвоночника. На восстановление его останков ученым потребовалось три дня.
Следующим был любимый внук Тамерлана — Улугбек. Пятого июня крышку его гробницы с огромным трудом с помощью нехитрых приспособлений удалось сдвинуть. Она была очень тяжелой. Известный астроном, художник, математик, Улугбек считал делом своей жизни возведение крупнейшей на востоке обсерватории. Раньше с любого места Самарканда можно было увидеть это огромное сооружение (хотя по современным меркам оно соответствовало десяти этажам). В наши дни на этом месте под землей осталась дуга — часть того самого астрономического инструмента, с помощью которого внук Тамерлана наблюдал за звездами и определял координаты новых. Астрономические данные Улугбека актуальны до сих пор.
Большую часть времени, как истинный ученый, он проводил в научном поиске, ставя науку на первое место, обсерватория была для него вторым домом. Это не понравилось мусульманским священникам. Они все чаще обращали его внимание на то, что его интерес к науке мешает ему в полной мере соблюдать правила ислама. Улугбек без должного внимания отнесся к этим нападкам. Тогда его обвинили в ереси и колдовстве. По приказу священников внук Тамерлана был обезглавлен. Это подтвердило вскрытие его гробницы: голова Улугбека лежала отдельно от туловища, а в области шейного позвонка был характерный срез.
Далее открывали другие гробницы. Их содержимое точно описывалось, для того чтобы отправить в Москву достоверные данные о сопоставлении найденных останков. Последним собирались вскрыть гробницу, где, как предполагалось, покоились останки самого Тамерлана. Но еще до вскрытия, буквально с первых дней исследования Гур-Эмира ученые занимались расшифровкой надписей на надгробной плите. Как оказалось, текст на древнеарабском языке представлял собой магическую печать, охраняющую прах великого эмира от любого влияния извне. Историк Семенов расшифровал надпись. Она содержала шестнадцать имен Тимура и цитату из Корана: «Все мы смертны. Придет время, и мы уйдем. До нас были великие и будут после нас. Если же кто возгордится и вознесется над другими или потревожит прах предков, пусть постигнет его самая страшная кара».