За Марию Гамильтон хлопотали сама императрица Екатерина I и невестка царя, вдовствующая царица Прасковья Федоровна, многие другие близкие к государю лица. Первоначально Петр не говорил ни "да", ни "нет". С одной стороны, он не любил менять единожды принятого решения, даже если принимал его под влиянием момента. С другой стороны, поговаривали (возможно, не без основания), что благосклонностью красавицы-фрейлины пользовался не один Иван Орлов, а и сам государь-император. Во всяком случае, когда, наконец, потребовалось решить, казнить или. миловать, Петр вышел из положения достаточно своеобразно - переложил ответственность на других. Точнее, на царицу Прасковью Федоровну, горячее всех хлопотавшую за "детоубийцу":
- Чей закон есть на таковое злодеяние? - спросил Петр свою невестку.
- Вначале Божеский, а потом государев, - отвечала царица.
- Что же именно законы сии повелевают? Не то ли, что "проливая кровь человеческую, да прольется и его"?
Царица вынуждена была согласиться с тем, что за смерть полагается смерть.
- А когда так, - подвел итоги Петр, - порассуди, невестушка, ежели тяжко мне и закон отца или деда моего нарушить, то коль тягчее закон Божий уничтожить? Но ежели кто из вас имеет смелость, то возьмите на души свои сие дело и решите, как хотите, - я спорить не буду.
Смельчаков, однако, не нашлось. Никто не желал ни брать на себя ответственность, ни делать то, на что у самого государя очевидной охоты не было. Хотя обычно Петр не боялся нарушать законы, в том числе и законы Божий, не говоря уже о тех, которые были установлены его отцом и дедом. А слабость, проявленная им по отношению к "Марьюшке", была едва ли не единственной в его жизни: "царь-плотник" не гнушался и лично голову отрубить, если считал сие за благо.
Казнь состоялась 14 марта 1719 года на Троицкой площади близ Петропавловской крепости. Все, в том числе и приговоренная, были уверены, что в последнюю минуту государь дарует Марии Гамильтон свое помилование. Действительно, Петр был ласков с юной (ей ещё 19 лет не исполнилось!) женщиной, простился с нею, поцеловал её в лоб и даже, по некоторым свидетельствам, дал ей слово, что к ней не прикоснется нечистая рука палача. Но в заключение якобы сказал:
- Без нарушения божественных и государственных законов не могу я спасти тебя от смерти... Итак, прими казнь и верь, что Бог простит тебя в грехах твоих. Помолись только ему с раскаянием и верой.
Через несколько минут голова грешной красавицы скатилась с плахи на помост. Слово свое Петр сдержал - сам поднял её и показал толпе, хотя обычно это дело палача. Но царь пошел ещё дальше: поцеловал голову прямо в губы, подчеркивая, что по-прежнему восхищается красотою своей давней любимицы.