Жизнь Маргариты резко изменилась после того, как на престол взошел её младший брат Франциск. На некоторое время она стала первым человеком при дворе и со всем пылом бросилась участвовать в политической и культурной жизни Франции. Мужчины её не волновали, зато живо увлекали идеи гуманизма, первые успехи книгопечатания, философские произведения Эразма Роттердамского и романы Франсуа Рабле.
В 1524 году, после пятнадцати лет безрадостного супружества, Маргарита овдовела: граф Алансонский погиб в битве при Павии, во время которой попал в плен к испанцам и сам французский король, брат Маргариты. Ей пришлось стать дипломатом и отправиться к испанскому королю Карлу Пятому добиваться освобождения брата. Через год напряженных переговоров король Франциск обрел свободу. А его сестра - нового мужа, с которым обрела, наконец, семейное счастье. Вторым супругом Маргариты Валуа стал Генрих де Альбре, король Наварры. От этого брака родилась дочь Жанна - будущая королева Наваррская и мать французского короля Генриха Четвертого, мужа упоминавшейся выше королевы Марго. и сын Жан, не проживший и полугода.
Замужество Маргариты существенно отразилось на судьбе французского общества. Ее брак не позволял ей жить при французском дворе, а из далекой пограничной Наварры было очень трудно оказывать влияние на политические и культурные процессы во Франции. Всегдашняя заступница протестантов, Маргарита страдала, видя, как постепенно они теряют с таким трудом завоеванные позиции при дворе. Убежденная гуманистка, она не могла не видеть ожесточение и огрубление нравов. Вместе с Маргаритой из французского двора ушло Возрождение в его лучших формах, зато небывалая дотоле интеллектуальная жизнь забурлила в По - главном городе Наварры. Именно там королева Маргарита собрала свой кружок гуманистов, именно там впервые прозвучали стихи одного из величайших поэтов Франции Пьера де Ронсара. Там же увидел свет перевод на французский язык знаменитый "Декамерон" итальянского писателя Джованни Бокаччио. И там же пышно расцвел литературный талант самой Маргариты.
Она пробовала свои силы в различных жанрах, её творческое наследие пестро и неравноценно: стихи, аллегорические поэмы, пьесы. Но лучшим её произведением, несомненно, является "Гептамерон" - книга, содержащая семьдесят две новеллы одновременно фривольных и лирических. Долгое время книга считалась неприличным и непристойным сочинением, но в том нет вины автора. Маргарита писала так, как говорили при дворе её брата и в наваррском обществе. В то время иначе писать не умели и не могли. Значение же этой живой и увлекательной книги состоит ещё и в том, что это фактически первое прозаическое произведение на французском языке, который тогда только формировался, да к тому же ещё написанное женщиной.