В ночь на 27 января 1904 года внезапным нападением японского флота на русскую эскадру, стоявшую на внешнем рейде Порт-Артура, началась Русско-японская война. А в столице Российской империи разгоралась другая, невидимая непосвященному взору битва. Ее позиции пролегли через дипломатические рауты, шифровальные кабинеты посольств, оборонные цеха и конструкторские бюро, конторки чиновников военных интендантств и штабных канцелярий. Разведочное отделение Лаврова стали «вытеснять» с «поля боя».
У Разведочного отделения начались официальные неприятности. Агенты Лаврова, следившие за графиней Комаровской, подозреваемой в шпионаже, заметили организованное за ней параллельное наружное наблюдение. Неизвестные действовали весьма профессионально. Военные контрразведчики решили свернуть свое наблюдение и доложить о случившемся. Как вскоре выяснилось, перехватили Комаровскую филеры Департамента полиции. Через три недели Разведочное отделение таким же точно порядком было отстранено от наблюдения за неким Джоном Маршаллом. В своем отчете Лавров записал: «Возможность повторения подобных случаев, совершенно очевидно парализующих работу Отделения, вызвала необходимость обсудить положение дел, вследствие чего и последовало особое по сему поводу совещание».
На нем представители Департамента полиции предложили устранить образовавшуюся двойственность и объединить усилия подразделения Лаврова с только что созданной «контрразведкой тайной полиции». Причем возглавил «шпионское подразделение» в Департаменте полиции известный авантюрист Манасевич-Мануйлов. Дело шло к неминуемой передаче Разведочного отделения и всего дела в ведение Департамента.
На стороне Департамента полиции было бюрократическое преимущество – поддержка шефа жандармов, министра внутренних дел Плеве, а также мощь всего аппарата общей и тайной полиции. Предвидя дальнейшее осложнение ситуации, военное руководство Лаврова пошло на своеобразный маневр.
Чтобы штаб корпуса жандармов, которому по административной линии формально подчинялся Лавров, не мог надавить на своего офицера, последний был Высочайшим приказом уволен в запас. Одновременно были подготовлены документы к возвращению его на военную службу, но уже не в Корпус жандармов, а в распоряжение Главного штаба, что и было сделано приказом государя. Разведочное отделение было сохранено, но крылья, увы, ему были подрезаны основательно.
Небольшому подразделению Главного штаба трудно было отстаивать свои позиции в схватке за место под солнцем. Слишком неравными были «пробивные способности» тех, кто оказался во главе контрразведки в Генеральном штабе и в Департаменте полиции.