Однако поражение коммунистических революций в Германии, а затем в Венгрии, укрепило позиции Ленина в советской России. Окончательно оправившись от ранения, он начал сводить счеты со своими обидчиками внутри партии и занялся консолидацией почти потерянной в период Брестского мира власти. Из-за подозрительной истории с Каплан, Ленин не мог не подозревать в причастности к состоявшемуся на него 30 августа 1918 года покушению Свердлова.
Тот вернулся в Москву из очередной поездки по провинциям России 8 марта 1919 года. О том, что он «тяжело болен», сообщили 9 марта, то есть сразу же после его приезда. Считалось, что он простудился и заболел «испанкой». Однако племянница Якова Свердлова Ида Авербах, жена будущего наркома внутренних дел Генриха Ягоды, троюродного брата Якова Свердлова, говорила, что «дядя Яша умер не своей смертью». А в вышедшем в 1994 году в Москве справочнике «Кто есть кто в России и бывшем СССР» о кончине Свердлова было написано:
Согласно официальной версии, умер после внезапной болезни. […] В то время ходили настойчивые слухи о том, что его смерть в молодом возрасте последовала за нападением на него рабочего на митинге […]. В ноябре 1987 по советскому ТВ был показан документальный отрывок о его похоронах […]. В гробу совершенно ясно была видна голова, которая была забинтована120.
Речь шла о митинге в Орле, где выступал Свердлов. О том, кто именно нанес по этой голове удар, остается только догадываться. Свердлову было 33 года. Он умер за несколько дней до открытия Восьмого съезда Советов, на котором планировал выступать и в работе которого должен был участвовать, так как съезд принимал новую программу партии.
Версия о покушении, однако, не представляется очевидной, поскольку именно по инициативе Свердлова создали специальное подразделение по охране высших руководителей партии. Первоначально отряд насчитывал 30 бойцов, позднее их число увеличили до 50. Отряд имел на вооружении броневики и грузовики с установленными на них спаренными пулеметами. Каждый боец, кроме винтовки, был вооружен многозарядным маузером и револьвером. Подчинялся отряд непосредственно Свердлову. В отряд в основном набирались воины-интернационалисты, считавшиеся наиболее лояльными советской власти, подобно латышским стрелкам.
Свердлов постоянно находился под охраной бойцов спецотряда. При такой охране нападение на него во время митинга было невозможно.
Но после ранения Ленина у Свердлова в Кремле появился еще один серьезный противник: секретарь Ленина Бонч-Бруевич, который неотступно пребывал при нем.