Согласно постановлению СНК СССР № 415–138 сс от 19 апреля 1943 года, подписанному И.В. Сталиным, из ведения НКВД СССР было изъято Управление Особых отделов, в том числе и морской отдел этого управления, на базе которых было образовано Главное управление контрразведки «Смерш» НКО и Управление контрразведки «Смерш» НК ВМФ.
Всего за годы войны военной контрразведкой было обезврежено более 30 тысяч шпионов, около 3,5 тысячи диверсантов и свыше 6 тысяч террористов. К немцам, за линию фронта, было заброшено свыше 3 тысяч агентов.
За период с 19 апреля 1943 года до окончания войны органами ГУКР «Смерш» НКО СССР было проведено 183 радиоигры. Подобного размаха работы не знала ни одна спецслужба в мире. Дезинформация, передаваемая гитлеровцам, способствовала успеху Курской битвы, Белорусской, Ясско-Кишиневской, Висло-Одерской и других операций.
17 июля 1944 года по улицам нашей столицы было проконвоировано 57 600 немецких военнослужащих, взятых в плен в ходе блестяще проведенной (под руководством К.К. Рокоссовского) операции «Багратион», которая явила собой великолепный образец воинского искусства. В победе, одержанной в Белорусской операции, несомненно, была частица напряженного труда военных контрразведчиков, успешно осуществивших мероприятия по дезинформации немецкой военной разведки и командования вермахта.
Основное внимание контрразведчики сосредоточивали на борьбе с вражеской агентурой, проникавшей в войска и их окружение. Особое значение при этом придавалось организации эффективной контрразведывательной работы в штабах, предупреждению утечки сведений о планах и замыслах военного командования.
Внедренные в разведшколы абвера советские разведчики после тщательного изучения склоняли к явке с повинной некоторых подготовленных к переброске на советскую сторону агентов, а через наиболее надежных из них доставляли в Особые отделы фронтов собранную ими информацию.
В ноябре 1941 года боевое охранение 227-й стрелковой дивизии задержало при переходе через линию фронта бывшего командира саперной роты 6-й армии К. Воинова, который потребовал встречи с контрразведчиками. Его отправили в Особый отдел фронта в Воронеж. Там было установлено, что в плен он попал не по своей вине. Воинов сообщил, что в лагере для военнопленных на него обратили внимание представители абвера и завербовали его (в 1937 году были репрессированы родители его жены, а сам Воинов исключен из партии). Согласие на сотрудничество с врагом он дал, чтобы явиться с повинной и вновь вступить в борьбу с захватчиками. Контрразведчики перевербовали Воинова, снабдив военными сведениями, которые показались немцам настолько существенными, что они решили направить «ценного агента» в Варшавскую разведывательную школу в качестве преподавателя инженерного дела. За семимесячный срок пребывания в школе Воинов сумел раздобыть негативы фотографий многих ее преподавателей, готовящихся агентов, выяснить характер заданий и предполагаемые районы выброски. Сведения он держал во взрывпакете, залитом расплавленным толом, который он вручил перед заброской в расположение советских войск перевербованному им курсанту. Вскоре толовая шашка с важными сведениями оказалась в Особом отделе 23-й армии. Содержавшаяся в ней информация поистине не имела цены. Благодаря полученным сведениям Особыми отделами Сталинградского и Юго-Восточного фронтов были задержаны в полосе от Борисоглебска до Моздока почти все 112 агентов, о которых сообщал Воинов.