В инструкции раскрыты задачи, решаемые с помощью внутренней агентуры, вопросы подбора, проверки, вербовки секретных помощников, работы с ними (по терминологии того времени «ведения агентуры»), реализации агентурных данных. Особое внимание уделялось конспирации и сохранению в тайне личности агента.
Сотрудничество, за редким исключением, осуществлялось на материальной основе. Вознаграждение секретным помощникам выплачивалось, как правило, в сумме от 3 до 50 рублей в месяц, однако, наиболее ценные агенты получали 300 и более рублей.
Завербованная агентура охранных отделений делилась на определенные виды. Лица, сотрудничавшие с розыскным учреждением на постоянной основе и входившие в какую-либо революционную организацию, назывались «агентами внутреннего наблюдения». Лица, не являвшиеся членами «преступного сообщества», но выполнявшие различные поручения и тем самым содействовавшие розыску, относились к «вспомогательным агентам». И, наконец, лица, поставлявшие охранным отделениям сведения в каждом случае за отдельную плату, назывались «штучниками». Последняя категория агентов признавалась в принципе нежелательной, так как не обладала качествами постоянных агентов.
В охранных отделениях и жандармских управлениях агентов разбивали на группы в соответствии с политическими партиями, к которым они формально принадлежали (социал-демократы, эсеры, анархисты и т. п.). Работу с каждой из этих групп вел жандармский офицер или чин для поручений. Встречи с агентами проводились регулярно на конспиративных квартирах, причем, одна такая квартира была рассчитана на прием 3–5 негласных помощников.
В целом органы политического сыска Российской империи создали на рубеже веков количественно небольшой, но весьма качественный агентурный аппарат. На конец 1916 г. его численность составляла не более 1,5 тысяч человек, однако, данное количество источников обеспечивало в основном все потребности оперативной и информационной работы.
Несмотря на достаточно высокую эффективность и отдачу, агентурный аппарат охранных отделений был весьма уязвимым с точки зрения его надежности. Как с сожалением отмечали сотрудники политической полиции, среди лиц, сотрудничавших с охранными отделениями, практически не было таких, кто делал бы это по идейным убеждениям. Не была до конца разрешена и проблема обеспечения безопасности самих негласных помощников, которые в случае разоблачения нередко оплачивали жизнью связь с жандармскими учреждениями. Особенно жестким было отношение к предателям в партии эсеров.
Согласно взглядам С. В. Зубатова и других руководителей политического сыска,