Иннокентию III положение Папской области как части империи не подходит. Стремясь подчинить себе как можно больше богатых земель, он, конечно, помышляет о том, чтобы из этого образования выйти. И потому, начав свое бесконечное вмешательство в дела западноевропейских правителей (а это составит основное содержание его жизни), он сначала займется Германией.
Напомним, что в средневековой Германии император избирался. Это было очень важно, потому что вмешаться в наследственную историю возможно только в случае развода или рождения бастардов. Если у монарха есть законные дети, вмешаться в престолонаследие нельзя. В Германии же действовала коллегия курфюрстов — коллектив из семи-девяти человек, представители высшей светской и духовной власти. Они избирали себе императора. Иннокентию III важнее всего было не подчиняться Германской империи.
В 1198 году, когда он пришел к власти, в Германии шла гражданская война. Это была отчаянная борьба верхов — между аристократическими семействами, группами, династиями. Избранный императором Филипп II Швабский сражается с представителем династии Гогенштауфенов. Уже сложились партии, гвельфы и гибеллины, сторонники папы и идеи о том, что высшую власть папы надо признавать, и сторонники идеи, что императорская власть выше папской.
Иннокентий лавирует между этими конкурентами, положив в основу политики торг за владения в Италии: тот, кто пообещает больше и поддержит его в укреплении власти в Италии, тот и хорош. Он выпускает документ, согласно которому в случае, если часть курфюрстов оспаривает избрание императора, окончательное решение принадлежит папе, занимающему позицию Христа на земле.
Когда избрали Филиппа Швабского, часть курфюрстов стала оспаривать результат, и папа провозгласил себя арбитром. В 1208 году Филипп был убит и папа короновал Оттона IV Гогенштауфена. Позже Иннокентий III рассорится с Оттоном IV. Ведь что папа потребовал за поддержку? Признать его власть на итальянской территории. Оттон отказался — и был отлучен от церкви.
Поссорившись с Оттоном IV, папа коронует Фридриха II Штауфена, юного внука знаменитого Фридриха I Барбароссы. Это фигура ярчайшая. Иннокентий III был его опекуном с детства, по воле матери. Императрица Констанция попросила папу опекать мальчика, пока тот мал, защищать его. Это было оформлено юридически. И, как считают знатоки этой немецкой истории, на протяжении по крайней мере девяти лет Иннокентий III довольно добросовестно выполнял свои обязанности опекуна, поддерживал юношу. Ничто не предвещало дальнейших ужасных перипетий борьбы Фридриха II Штауфена с папством.