В конце 1209 года Иннокентий отлучил короля Англии Иоанна Безземельного от церкви, а в 1212-м объявил низложенным от имени Бога. Ту политику, которую папа провозглашал теоретически, он теперь проводит практически в жизнь. Это создало для английского короля очень сложную ситуацию. А Иннокентий действовал в духе 12 пункта «Диктатуса Папы»: «Папа имеет право смещать светских государей».
Сразу оживились давнишние непримиримые политические и военные противники Англии — французы. Филипп II заявил, что готов помочь — высадиться в Англии и теоретически низложенного английского короля низложить реально. Возникла угроза французской интервенции. Папа был в этой ситуации дирижером европейского политического оркестра.
В конце концов Иоанн Безземельный перед лицом возможной французской интервенции вынужден был капитулировать. Он раскаялся, и в 1213 году с него было снято отлучение. Но этого папе показалось мало — через несколько месяцев, в октябре 1213-го, Иоанн признал себя вассалом Иннокентия III, принес ему вассальную клятву, согласно которой Англия сделалась леном, то есть вассальным владением, а сеньором над английским королем стал Иннокентий III. Это, конечно, потрясло Англию. К тому же это стоило денег. Как всякий вассал, Иоанн должен был платить своему сюзерену. Была установлена сумма — 1000 марок в год, очень много для королевской казны. Это была полная капитуляция светского правителя перед папой.
Напомним еще раз, что вассалами Иннокентия III стали также король Арагона и король Португалии. Он вмешивался в борьбу за трон венгерских королей, в династические и политические проблемы в Северной Европе.
В те же годы Иннокентий встретился с великим мыслителем Франциском Ассизским. Одно из направлений деятельности папы — поддерживать все чистое, благородное, святое в католической церкви. В 1209 или 1210 году к Иннокентию явился подлинный святой — Франциск Ассизский, со своими двенадцатью учениками. Он обратился к папе с просьбой поддержать идею создания ордена, восстанавливающего истинное христианство, подлинную чистоту вероучения.
Иннокентий III встретил Франциска неласково. Всякий человек, пришедший с собственными идеями, вызывал у него тревогу. У него самого были ясные представления о том, как все должно быть устроено. И вдруг кто-то хочет создать орден духовной чистоты! Его поразило и то, как выглядел Франциск, принявший аскезу, отрешившийся от всего земного. Это был нестриженый, неопрятный человек. Иннокентий сказал: «Слушай, тебе лучше пойти управлять свиньями, судя по тому, как ты выглядишь, и валяться среди свиней». Но он не понимал, что такое Франциск Ассизский, не понимал, что это подлинная святость. Тот пошел и вернулся через короткое время в еще более ужасном виде, сказав: «Ты повелел — я выполнил, я побыл среди свиней. А теперь и ты услышь мою просьбу». Вот оно, христианское смирение. Франциск ошеломил Иннокентия.